在协议和章程发生冲突时，通常以章程为准，但具体还需根据冲突内容、协议性质及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 章程的优先性：

   • 公司章程的法定地位：公司章程是公司设立时必须制定的基本法律文件，它规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利与义务等核心内容，具有法定性和强制性。根据《公司法》的相关规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
   • 章程的修改程序：章程的修改通常需要经过股东会或股东大会的特别决议，程序相对严格，这体现了章程的稳定性和权威性。因此，在协议与章程发生冲突时，如果冲突内容涉及公司章程规定的核心事项，且协议未经相应程序修改章程，则一般应以章程为准。

2. 协议的效力：

   • 协议的性质：协议是双方或多方之间就特定事项达成的合意，其效力取决于协议的内容、签订程序以及是否违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议内容合法、签订程序合规，且不违反公司章程的规定，则协议对签订方具有约束力。
   • 协议与章程的冲突处理：当协议与章程发生冲突时，如果冲突内容不涉及公司章程规定的核心事项，或者协议已经通过合法程序修改了章程的相关规定，则协议可能具有优先效力。但这种情况相对复杂，需要具体分析协议和章程的内容以及签订、修改程序。

3. 法律规定的考量：

   • 特定法律条款：在某些情况下，法律可能对协议和章程的效力有特别规定。例如，对于某些特定类型的合同（如股权转让合同），法律可能规定了特定的生效条件或程序，这些条件或程序可能优先于公司章程的规定。
   • 法律原则的应用：在处理协议与章程的冲突时，还需要考虑法律原则的应用，如诚实信用原则、公平原则等。这些原则可能要求法院或仲裁机构在特定情况下对协议和章程的效力进行平衡和调整。

4. 实践中的处理方式：

   • 协商解决：在协议与章程发生冲突时，双方首先应尝试通过协商解决争议。通过友好协商，双方可以达成新的合意，从而避免法律纠纷。
   • 诉讼或仲裁：如果协商无果，双方可以选择通过诉讼或仲裁的方式解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据相关法律法规、协议内容、章程规定以及双方提交的证据进行综合判断，并作出裁决。

建议：在签订协议或制定章程时，双方应充分考虑可能出现的冲突情况，并在协议或章程中明确约定冲突解决机制。同时，在协议或章程的签订、修改过程中，应确保程序合法、内容合规，以避免后续的法律纠纷。如果遇到协议与章程冲突的问题，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。