结论：工程队在没有甲方同意的前提下委托第三方评估工程款，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，但通常来说，未经甲方同意擅自委托第三方评估可能涉及违约或侵权，因此一般是不合法的。
分析：
合同约定角度：
- 在建设工程合同中，双方通常会就工程款的支付、结算、评估等事项作出明确约定。如果合同中明确规定了工程款的评估需由双方共同委托的第三方进行，或者需经甲方同意后才能进行，那么工程队未经甲方同意擅自委托第三方评估，就违反了合同约定，构成违约。
法律规定角度：
- 根据《民法典》等相关法律法规，当事人在民事活动中应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。工程队未经甲方同意擅自委托第三方评估，可能损害了甲方的合法权益，如评估结果的公正性、准确性等，从而构成对甲方权益的侵害。
实际操作角度：
- 在实际操作中，工程款的评估往往涉及复杂的工程技术和经济问题，需要专业的知识和经验。如果工程队未经甲方同意擅自委托第三方评估，且该第三方不具备相应的资质或经验，那么评估结果可能无法得到甲方的认可，甚至可能引发纠纷和诉讼。
建议：
- 与甲方协商：工程队在委托第三方评估前，应与甲方进行充分沟通，说明评估的必要性和目的，争取甲方的同意和支持。
- 选择具备资质的第三方：如果甲方同意委托第三方评估，工程队应选择具备相应资质和经验的第三方机构进行评估，以确保评估结果的公正性和准确性。
- 遵循合同约定和法律规定：在整个过程中，工程队应严格遵守合同约定和法律规定，避免因擅自行动而引发纠纷和诉讼。
可能后果：
- 如果工程队未经甲方同意擅自委托第三方评估，且评估结果无法得到甲方的认可，那么工程队可能面临无法按时收到工程款的风险。
- 如果因评估结果不准确或存在其他问题而给甲方造成损失，工程队还可能承担相应的赔偿责任。
如有更多关于建设工程合同纠纷或工程款评估方面的法律问题，可以直接向我咨询。