事业单位合同制员工在加班时，一般是有加班费的，但具体情况需根据相关法律法规和单位的具体规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
《事业单位人事管理条例》（虽主要针对纳入人事管理的工作人员，但部分原则可参照）：
- 第三十四条规定，事业单位工作人员享受国家规定的福利待遇，这包括在特殊情况下可能获得的加班补偿。不过，该条例并未直接规定合同制员工的加班费问题，但合同制员工通常适用《劳动法》的相关规定。
二、事业单位合同制员工加班费的具体情况
纳入劳动合同管理的人员：
- 这类人员与事业单位建立了劳动关系，适用《中华人民共和国劳动法》。因此，在加班时，用人单位应按照法定标准支付加班费。
- 加班费的具体计算基数为劳动者的工资，月计薪天数为21.75天，据此可计算出日加班工资数额标准和小时加班工资数额标准。例如，如果劳动者的月工资为5000元，那么其日加班工资基数约为230元（5000元/21.75天），小时加班工资基数则根据日加班工资基数进一步计算得出。
加班审批与记录：
- 事业单位通常会有严格的加班审批程序，员工需要事先申请并获得批准。同时，加班时间、工作内容等都需要详细记录，作为后续计算加班工资的依据。
加班工资的发放：
- 加班工资一般随同当月工资一起发放，也有可能在次月发放，具体取决于单位的财务制度和惯例。
三、注意事项与建议
了解单位规定：
- 员工应详细了解自己所在单位关于加班工资的具体规定和政策，以便在必要时维护自己的合法权益。不同单位可能在加班费的计算、发放等方面存在细微差异。
保留相关证据：
- 在加班过程中，员工应妥善保留好加班审批单、考勤记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
合理维权：
- 如果员工认为自己的加班工资权益受到侵害，可以通过合法途径进行维权，如向单位的人力资源部门反映情况、寻求劳动仲裁等。在维权过程中，员工应确保自己的诉求合理且证据充分。
总结来说，事业单位合同制员工在加班时，一般是有加班费的，但具体数额和发放方式需根据单位规定和法律法规来确定。员工应了解自己的权益和单位的规定，以便在必要时维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。