结论概述：针对公司员工入股后每年支付5千元，10年后不再支付，员工想要讨回本金的问题，这主要取决于入股协议的具体内容以及公司的经营状况和法律责任。以下是从不同角度给出的详细分析。
一、协议内容分析
协议性质：
- 首先，需要明确员工入股的性质，是真正的股权投资还是名为入股实为借贷或其他形式的协议。如果是真正的股权投资，员工成为公司股东，其收益通常与公司盈利状况挂钩，而非固定支付。
- 如果是名为入股实为借贷，即员工以入股形式向公司提供资金，但公司承诺按期支付固定收益（如每年5千元），并在一定期限后归还本金，那么这种协议更接近于借贷合同。
协议条款：
- 审查入股协议中关于收益分配、本金归还、违约责任等条款。如果协议中明确规定了公司需每年支付5千元，并在10年后归还本金，那么公司未履行这些义务即构成违约。
二、公司经营状况与法律责任
公司盈利状况：
- 如果公司经营状况良好，有足够的利润支付员工收益和归还本金，但公司拒绝支付，员工可以通过法律途径要求公司履行协议义务。
公司破产或无力偿还：
- 如果公司因经营不善破产或无力偿还债务，员工的本金和收益可能面临无法全额收回的风险。在这种情况下，员工需要依据公司法、破产法等相关法律规定，参与公司破产清算程序，按照法定顺序受偿。
三、法律途径与建议
协商解决：
- 首先，建议员工与公司进行协商，尝试达成和解协议，如分期支付、延期支付或部分减免等。
法律诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向法院提起诉讼，要求公司履行协议义务或赔偿损失。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明协议的存在、公司的违约行为以及自己的损失情况。
- 计算公式示例（假设以借贷合同为例，计算10年应得本金及利息，但实际需根据协议具体条款和法律规定调整）：
- 假设本金为X元（需根据实际入股金额确定），年利率为r（需根据协议或法律规定确定，若无明确规定则可能按法定利率计算），则10年后应得本息和为：\(X \times (1 + r)^{10}\)。但在此案例中，由于每年已支付5千元，需根据实际支付情况调整计算。若仅讨回本金，则公式简化为确认本金X元未归还部分。
- 实际处理：由于每年已支付5千元，且未明确说明是利息还是部分本金，实际诉讼中需根据协议条款、交易习惯及法律规定综合判断。若协议未明确，可能视为先支付利息后还本金，或按比例分配。
参与破产清算：
- 如果公司进入破产清算程序，员工需要按照法定顺序申报债权，并参与破产财产的分配。
四、注意事项
- 员工在采取法律行动前，应仔细审查入股协议，确保自己的诉求有法律依据。
- 员工应保留好所有与入股相关的证据，如协议文本、支付记录、沟通记录等。
- 考虑到法律诉讼可能涉及的时间成本和金钱成本，员工应在权衡利弊后做出决策。
五、进一步行动建议
- 如果员工对协议内容或法律程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。
- 员工也可以考虑咨询其他专业律师或法律机构，以获取更全面的法律意见。
总之，员工讨回本金的可能性取决于入股协议的具体内容、公司的经营状况以及法律程序的运用。建议员工在采取行动前充分了解相关情况，并寻求专业法律帮助。