结论：集体土地被依法征收后，部分未签协议，多年后补偿一般不可以直接按照国有土地执行，但存在特殊情形可能参照国有土地上房屋征收补偿标准。以下为具体情况分析：
- 通常情况
- 土地性质决定补偿标准：集体土地和国有土地在法律属性、管理方式、用途等方面存在本质差异，我国实行的是分别制定补偿标准的原则。集体土地征收补偿主要依据《土地管理法》及其实施条例等相关法律法规，补偿项目通常包括土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。而国有土地上房屋征收补偿则依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，补偿项目主要包括被征收房屋价值的补偿、因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿以及因征收房屋造成的停产停业损失的补偿等。
- 未签协议不影响土地性质：即使部分被征收人未签订征收补偿协议，但集体土地被依法征收这一事实已经确定，土地性质并未因未签协议而改变，仍为集体土地，所以补偿应按照集体土地征收的相关规定进行，不能直接按照国有土地的标准执行。
- 特殊情况
- “城中村”等集体土地被征收：在一些城市发展过程中，出现了“城中村”等特殊区域，这些区域的集体土地虽然性质上仍属于集体所有，但土地已经高度城市化，土地上的房屋等建筑物、构筑物的性质和用途与国有土地上的房屋类似。在这种情况下，如果集体土地被征收，为了保障被征收人的合法权益，使其获得公平合理的补偿，可能会参照国有土地上房屋征收补偿标准进行补偿。不过，这并不是绝对的，还需要综合考虑当地的政策规定、土地的实际情况等多种因素。
- 土地性质转变后的征收：如果在多年等待补偿的过程中，集体土地已经通过合法的程序转变为国有土地，例如经过国家征收后出让给开发商进行开发建设等，那么此时再进行补偿时，就应当按照国有土地上房屋征收的相关规定和标准进行补偿。但这种情况需要严格的法定程序和证据支持，以证明土地性质已经发生了合法转变。