付款协议只盖公司章，在多数情况下是有效的，但具体效力还需结合协议内容、签订背景及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 公司章的法律效力
   公司章是公司对外表示意思的主要工具，具有法律效力。在付款协议上加盖公司章，通常意味着公司认可该协议的内容，并愿意承担协议约定的义务。因此，从形式上看，只盖公司章的付款协议是有效的。

2. 协议内容的完整性
   虽然公司章具有法律效力，但付款协议的内容也至关重要。协议应明确约定付款金额、付款方式、付款时间等关键条款。如果协议内容存在模糊或遗漏，即使加盖了公司章，也可能在履行过程中产生争议。因此，在签订付款协议时，务必确保协议内容完整、明确。

3. 签订背景与目的
   付款协议的签订背景与目的也会影响其效力。例如，如果协议是在双方平等、自愿的基础上签订的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议通常具有法律效力。反之，如果协议是在欺诈、胁迫等不正当手段下签订的，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么该协议可能无效或可撤销。

4. 特殊情况下的要求
   在某些特殊情况下，付款协议可能不仅需要加盖公司章，还需要法定代表人或授权代表的签字。例如，根据《公司法》及相关规定，公司对外担保等重大事项可能需要经过股东会或董事会的决议，并由法定代表人或授权代表签字确认。虽然这并非付款协议的普遍要求，但在涉及特定交易或行业时，需特别注意相关法律法规的规定。

建议：

• 在签订付款协议前，务必仔细审查协议内容，确保条款完整、明确，并符合法律法规的规定。
• 如果可能的话，尽量让法定代表人或授权代表在协议上签字，以增加协议的法律效力。
• 在涉及重大交易或行业时，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。