合同作废后，已缴纳的印花税一般不予退还，但在特定情况下，如计税依据计算错误或合同被撤销、解除且未履行，纳税人可以申请退税。 以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况：合同作废后印花税不予退还

根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同）所征收的一种税。其纳税义务在纳税人书立应税凭证或者完成证券交易的当日即产生。这意味着，只要应税合同等应税凭证已经签订，无论后续合同是否履行、是否作废，或是实际结算金额与合同所载金额是否存在差异，纳税人都需按规定缴纳印花税，且已缴纳的印花税通常不会退还。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份购销合同，并按照合同金额缴纳了印花税。后来，由于各种原因，该合同作废并未实际履行。在这种情况下，甲乙双方已经缴纳的印花税是不会退还的，因为印花税是基于合同的签订行为而产生的，与合同是否最终履行无关。

二、特殊情况：合同作废后印花税可以申请退税

尽管在一般情况下合同作废后印花税不予退还，但在某些特殊情况下，纳税人仍然可以申请退税。这些特殊情况主要包括：

1. 计税依据计算错误：

   • 如果因应税凭证列明的增值税税款计算错误导致应税凭证的计税依据减少或增加，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。这是基于计税依据的错误而进行的调整，并非单纯因为合同作废。

2. 合同被撤销或解除且未履行：

   • 在合同未履行或未完全履行的情况下，如果合同被撤销或解除，并且该合同的印花税已经缴纳，纳税人可以根据相关规定向税务机关提出退税申请。但此类退税申请需提交相关证明材料，如合同撤销或解除的证明文件、未履行的证明文件等，并需经过税务机关的严格审核批准。

操作建议：在处理合同作废与印花税的问题时，纳税人应首先仔细查阅相关税收政策和法规，以明确自己的权利和义务。同时，积极与当地税务机关沟通咨询，获取准确的指导和帮助。如果符合退税条件，应按照规定提交相关证明材料并申请退税。

三、注意事项

1. 加强合同管理：为了避免不必要的印花税损失，纳税人在签订合同时应谨慎考虑合同条款和履行可能性，尽量减少合同作废的情况发生。

2. 及时咨询税务机关：由于印花税法规的复杂性和具体性，以及不同地区的税务机关可能存在的执行差异，纳税人在遇到合同作废等涉及印花税的问题时，应及时咨询当地税务机关或向我咨询，以获取更准确的信息和解决方案。

3. 保留相关证据：如果纳税人认为符合退税条件并准备申请退税，应妥善保留相关证据材料，如合同原件、作废证明、缴纳印花税的凭证等，以便在申请退税时提供证明。

综上所述，合同作废后印花税的处理并非一成不变，而是需要根据具体情况和法律法规的规定来判断。在一般情况下，已缴纳的印花税不予退还；但在特定情形下，如计税依据计算错误或合同被撤销、解除且未履行时，纳税人可以申请退税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。