结论：依据《民法典》第五百八十五条，借款赔偿额每日按3%计算是否合法，需分情况讨论。一般情况下，该利率标准远超法律保护上限，属于不合法情形；但若双方自愿且不违反其他强制性规定，在特定情形下可能被视为有效约定，不过仍需谨慎对待。
分析说明：
法律保护上限：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。以当前LPR为例，若一年期LPR为3.85%，则法律保护的利率上限约为15.4%（3.85%×4）。
- 每日按3%计算，年化利率高达1095%（3%×365），远超法律保护上限，因此，在一般情况下，该利率标准是不合法的。
双方自愿且不违反其他强制性规定：
- 尽管利率标准远超法律保护上限，但如果双方自愿签订借款合同，且该合同不违反其他强制性规定（如不涉及高利转贷、非法集资等违法行为），那么该合同在双方之间仍然具有约束力。
- 然而，即使双方自愿，超出法律保护上限的部分利息，法院在审理时也不会予以支持。借款人可以主张只偿还法律保护范围内的利息和本金。
特殊情形下的有效性：
- 在某些特殊情形下，如双方对利率有特别约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该约定可能被视为有效。但这种情况极为罕见，且需要严格的法律审查和判断。
- 在绝大多数情况下，每日按3%计算借款赔偿额是不合法的，且难以得到法院的支持。
法律建议：
- 对于借款人而言，如果面临高额利息的借款合同，应仔细审查合同条款，了解自己的权利和义务。如果认为利率过高，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
- 对于出借人而言，应遵守法律法规，合理设定利率标准。避免设定过高的利率，以免引发法律纠纷和不必要的损失。
可能后果：
- 如果借款人拒绝支付超出法律保护上限的利息，出借人可能通过法律途径追讨。但法院在审理时，只会支持法律保护范围内的利息和本金。
- 如果出借人设定过高的利率，并试图通过非法手段（如暴力、威胁等）追讨债务，将可能面临法律制裁和刑事责任。