当行政许可所依据的法律法规被修改、废止或撤销时，行政机关通常需要依法给予补偿，而非赔偿，但具体情形需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规修改或废止对行政许可的影响
根据《中华人民共和国行政许可法》第八条，行政许可所依据的法律、法规、规章若发生修改或废止，或者准予行政许可的客观情况发生重大变化，且为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。这一规定明确了行政机关在法律法规修改或废止时，对行政许可的处理原则。
二、补偿与赔偿的区别及适用
补偿：
- 适用情形：当行政机关因公共利益需要而依法变更或撤回行政许可，且给公民、法人或其他组织造成财产损失时，行政机关应当依法给予补偿。
- 法律依据：补偿的依据主要是《行政许可法》的相关规定，旨在保护行政相对人的信赖利益。
- 补偿范围：一般以当事人因行政许可变更或撤回所遭受的直接损失为限，包括为获得该行政许可投入的合理费用，以及因信赖该行政许可而进行的一些直接相关的、必要的投入损失等。
赔偿：
- 适用情形：赔偿通常用于行政机关及其工作人员违法行使职权，侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益并造成损害的情况。
- 法律依据：赔偿的依据是《国家赔偿法》，且要求行政机关的行为具有违法性。在行政许可变更或撤回本身合法的情况下，不适用赔偿。
三、具体处理方式及注意事项
变更或撤回的程序：
- 行政机关在变更或撤回行政许可时，需遵循法定程序，确保行政相对人的知情权、陈述权、申辩权等合法权益得到保障。
- 变更或撤回决定应明确、具体，并告知行政相对人相关的法律依据和救济途径。
补偿的确定与支付：
- 补偿应遵循公平、合理、及时的原则。行政机关应与行政相对人协商确定补偿方式和金额，确保补偿到位。
- 若双方无法就补偿达成一致，行政相对人可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。
特殊情况下的责任承担：
- 如果行政机关在变更或撤回行政许可过程中存在违法情形，如违反法定程序，那么可能同时存在赔偿问题。此时，应综合考虑具体情况，结合《行政许可法》、《国家赔偿法》等不同法律法规的要求，来确定行政机关应承担的责任形式以及对当事人合法权益的救济方式。
四、实例说明
假设某企业依法取得了开采矿山的行政许可，并为此投入了大量资金购置设备、建设设施等。后因相关法律法规修改，该矿山的开采被禁止，行政机关依法撤回了该企业的行政许可。在此情况下，行政机关应当依法给予该企业补偿，补偿范围包括企业为开采矿山购置的特定设备费用、建设设施的费用等直接损失。
总结来看，当行政许可所依据的法律法规被修改、废止或撤销时，行政机关通常需要依法给予补偿。但具体补偿范围、方式和金额需根据实际情况和法律法规的规定来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。