结论：执行人和被执行人互欠款的情况下，两个法院是可以分别进行执行的，但具体执行过程需考虑债务性质、执行依据及执行顺序等因素。
分析说明：
债务性质与执行依据：
- 如果执行人和被执行人之间的债务是独立的，即各自基于不同的法律关系（如不同的合同、侵权行为等）产生的债务，那么两个法院可以分别根据各自的执行依据（如判决书、裁定书等）进行执行。
- 例如，执行人A因合同纠纷起诉被执行人B，获得胜诉判决后申请执行；同时，被执行人B因另一合同纠纷起诉执行人A，也获得胜诉判决并申请执行。这种情况下，两个法院可以分别对各自的执行案件进行执行。
执行顺序与抵销：
- 在执行过程中，如果执行人和被执行人之间存在相互债务，且债务性质、金额等均明确，双方可以协商抵销债务。如果协商不成，也可以向法院申请裁定抵销。
- 根据《民法典》的相关规定，当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
- 如果一方债务尚未到期或者存在其他不得抵销的情形，则不能直接进行抵销，而需要按照各自的执行依据进行执行。
法院间的协调与配合：
- 在两个法院分别执行的情况下，如果涉及同一财产或者执行结果相互影响，两个法院之间需要进行协调与配合，以确保执行工作的顺利进行。
- 例如，如果执行人A申请查封、扣押被执行人B的某项财产，而被执行人B也因另一案件申请查封、扣押同一财产，那么两个法院需要协商确定查封、扣押的顺序和方式，以避免冲突和重复执行。
行动建议：
- 如果您作为执行人或被执行人，在面临互欠款且两个法院分别执行的情况时，建议首先梳理清楚双方之间的债务关系，明确债务的性质、金额及执行依据。
- 其次，您可以尝试与对方协商抵销债务，以简化执行程序并降低执行成本。如果协商不成，您可以向法院申请裁定抵销或者按照各自的执行依据进行执行。
- 在执行过程中，如果遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和协助。