结论：是否需要赔偿违约金，需根据三方协议的具体内容、签署情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、协议签署情况与法律效力

1. 协议生效条件：

   • 三方协议通常需要三方（学校、单位、学生）共同签署并盖章后生效。若学校未盖章，从形式上看，协议可能尚未完全生效。但需注意，若学校已通过其他方式（如口头同意、电子邮件确认等）表达了同意，且单位和学生已签署，部分法院可能认定协议已成立并生效。

2. 学校未盖章的影响：

   • 若学校明确拒绝盖章或未表示同意，则协议未生效，学生无需承担违约责任。
   • 若学校虽未盖章，但已实际参与协议履行（如安排学生实习、提供相关服务等），则可能被视为对协议的认可，此时学生若违约，可能需承担一定责任。

二、违约金条款的效力

1. 违约金条款的合法性：

   • 根据《民法典》的相关规定，违约金条款需合法、合理，且不得过分高于实际损失。若违约金条款显失公平或违反法律强制性规定，法院可能不予支持。

2. 学生违约的情形：

   • 若学生无正当理由拒绝履行协议，且协议中明确约定了违约金条款，学生可能需承担违约责任。
   • 但若学生因不可抗力（如疾病、家庭变故等）或单位原因（如单位违约、提供的工作条件与协议不符等）无法履行协议，则可能无需承担违约责任。

三、具体建议

1. 审查协议内容：

   • 学生应仔细审查三方协议的具体内容，特别是关于生效条件、违约金条款以及双方权利义务的约定。

2. 与学校和单位沟通：

   • 学生可与学校和单位进行沟通，了解学校未盖章的具体原因，以及单位对违约金的看法和态度。通过沟通，可能达成和解或修改协议条款。

3. 寻求法律帮助：

   • 若学生无法确定自己是否需要承担违约责任，或认为违约金条款不合理，可咨询专业律师（如我）进行法律分析和建议。律师可根据具体情况，为学生提供针对性的法律策略和解决方案。

四、可能后果

1. 若无需承担违约责任：

   • 学生可无需支付违约金，且无需承担其他法律责任。

2. 若需承担违约责任：

   • 学生需按照协议约定支付违约金。若违约金过高，学生可请求法院或仲裁机构予以调整。
   • 学生还可能面临单位的其他索赔请求（如实际损失赔偿等），但需以单位能证明实际损失为前提。

总结：是否需要赔偿违约金取决于多种因素，包括协议签署情况、违约金条款的效力以及学生违约的具体情形等。因此，我建议你先仔细审查协议内容，并与学校和单位进行沟通。如有需要，可直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供针对性的法律建议。