在非法经营案件中，中小员工之所以会被拘留，主要取决于他们在非法经营活动中的具体角色、作用以及参与程度。以下是对此问题的详细分析：
直接参与非法经营活动的员工：
- 如果员工明知公司从事的是非法经营活动，却仍然积极参与，如负责销售、财务、物流等关键环节，为非法经营提供直接帮助或实施具体操作，那么他们很可能会被拘留。这是因为他们具有主观故意性，且直接参与了非法活动，对市场秩序造成了扰乱。
对非法经营行为有主观认知的员工：
- 即使员工没有直接参与非法经营活动的核心决策或操作，但如果他们明知公司存在非法经营行为，却未积极阻止或报告，甚至在某些情况下为非法经营提供便利条件，如隐瞒、包庇等，那么他们也可能因主观故意性而面临法律责任，包括被拘留。
掌握关键证据或线索的员工：
- 在非法经营案件中，如果员工掌握与案件相关的重要线索或证据，如交易记录、客户信息、内部文件等，且这些证据对案件侦查有重要作用，那么他们可能会被拘留以便进一步调查取证。这种情况下，拘留是为了确保案件的顺利侦破和证据的完整性。
不知情或参与程度显著轻微的员工：
- 对于那些确实不知情或参与程度显著轻微的员工，如新入职员工、仅从事一般性事务工作的员工等，他们通常不会被采取强制措施，如拘留。但是，他们仍需配合调查，以证明自己的清白和无关性。
拘留期限的考量因素：
- 在非法经营案件中，涉嫌相关人员的拘留期限并非固定不变，而是需综合多因素判断。这包括涉案员工在非法经营活动中的作用大小、涉及层面的广泛程度、违法收益的多少以及对案件侦破的贡献度等。刑事拘留的最长期限为37天，具体期限会根据上述因素进行裁量。
员工如何避免被追究责任：
- 为了避免被追究责任，员工应时刻保持警惕，确保自身行为合法合规。具体来说，他们可以采取以下措施：
- 了解并遵守与公司经营相关的所有法律法规，确保自己的工作不违反任何法律条款。
- 发现公司存在非法经营行为时，立即向相关部门报告，如公安机关、市场监管部门等，以便及时制止和纠正违法行为。
- 保留与工作相关的文件和记录，如合同、交易记录、邮件等，以便在必要时证明自己的清白和无关性。
- 避免参与任何可能违法的公司活动或决策过程，保持与非法经营行为的距离。
综上所述，非法经营案件中员工是否会被拘留取决于多种因素。作为员工，应时刻保持法律意识，确保自身行为合法合规，以避免不必要的法律风险。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。