关于兼职违纪所得是否扣除工作费用的问题，结论需分情况讨论：

1. 若违纪所得与工作费用无直接关联
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。但此条款针对的是“经济损失赔偿”，而非“违纪所得处理”。若违纪行为（如迟到、旷工）未直接导致工作费用产生，用人单位无权从违纪所得中扣除工作费用。例如：兼职员工因迟到被扣绩效，但迟到未导致公司额外支出，此时公司不得以“工作费用”名义扣款。

2. 若违纪行为导致工作费用产生
   若违纪行为直接引发额外费用（如兼职员工因操作失误损坏设备，产生维修费），用人单位可依据《民法典》第一千一百六十五条要求赔偿。但需满足：

   • 费用合理性：赔偿金额需与实际损失相当，不得夸大；
     
   • 程序合法性：需通过书面协议或规章制度明确赔偿规则，且规章制度需经民主程序制定并公示；
     
   • 扣除限制：每月扣除部分仍不得超过当月工资的20%，剩余部分可协商分期扣除或通过法律途径追偿。
     示例：兼职员工因违规操作导致设备损坏，维修费为500元，若其月工资为3000元，则当月最多扣除600元（20%），剩余400元需通过其他方式解决。

3. 若用人单位以“违纪”为由变相扣费
   若用人单位将“工作费用”与“违纪处罚”混为一谈（如以“纪律保证金”名义扣款），可能违反《劳动合同法》第九条，即“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物”。此时劳动者可主张返还扣款，并可向劳动监察部门投诉。

法律建议：

• 对劳动者：保留工资条、扣款通知等证据，若认为扣款不合理，可先与用人单位协商，协商不成可申请劳动仲裁；
  
• 对用人单位：制定明确的规章制度，区分“经济损失赔偿”与“违纪处罚”，避免混同，且赔偿规则需符合前述合理性、程序性要求。
  

如有具体案情或扣款细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。