交警是有权对六轴车总重49吨但行驶证上总质量四十吨的情况进行罚款的。以下从几个方面为你详细分析：

一、超载的认定

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，机动车载物应当符合核定的载质量，严禁超载。这里的“核定的载质量”通常指的是行驶证上标注的总质量。因此，如果六轴车的实际总重超过了行驶证上标注的总质量（四十吨），即被视为超载。

二、超载的法律后果

1. 罚款：对于超载的车辆，交警有权根据超载的严重程度进行罚款。罚款的数额会根据超载的比例、车辆类型以及当地的具体规定而有所不同。

2. 扣分：除了罚款外，超载还可能导致驾驶员的驾驶证被扣分。扣分的多少也会根据超载的严重程度而有所不同。

3. 其他处罚：在严重超载的情况下，交警还可能采取暂扣车辆、吊销驾驶证等更严厉的处罚措施。

三、具体案例分析

以你的情况为例，六轴车的实际总重为49吨，而行驶证上标注的总质量为四十吨。这意味着车辆已经超载了9吨，超载比例达到了22.5%（9/40*100%）。根据一般的交通法规，这样的超载比例是足以触发罚款和扣分等处罚的。

四、建议与提醒

1. 遵守交通法规：为了避免不必要的罚款和扣分，建议驾驶员严格遵守交通法规，确保车辆的载重不超过行驶证上标注的总质量。

2. 定期检查车辆：定期对车辆进行检查和维护，确保车辆的性能和安全状况良好，也是预防超载等违法行为的重要措施。

3. 咨询当地交警部门：如果你对具体的罚款标准或处罚措施有疑问，建议咨询当地的交警部门或相关法律机构，以获取更准确的信息。

如果你还有其他关于交通运输方面的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。