员工不执行董事长指令的处置方式需结合具体情境和法律框架综合判断，核心结论如下：

1. 区分指令性质：合法性是前提

   • 合法指令：若董事长的指令属于其法定职权范围（如公司章程授权的管理事项），且不违反法律法规、劳动合同或公序良俗，员工无正当理由拒绝执行可能构成违纪行为。公司可依据内部规章制度（如员工手册）进行纪律处分，包括警告、扣薪、调岗甚至解除劳动合同。
     
   • 非法指令：若指令涉及违法活动（如伪造账目、偷税漏税）、侵犯员工权益（如强迫超时加班、性骚扰）或超出董事长职权范围（如擅自处置公司资产），员工有权拒绝执行，且公司不得因此处罚员工。根据《劳动合同法》第38条，员工甚至可因此解除劳动合同并主张经济补偿。

2. 程序合规性：制度与程序缺一不可

   • 制度依据：公司需有明确的规章制度规定“拒绝执行合法指令”的后果，且该制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序违法导致处分无效。
     
   • 程序正当：处分员工前，公司应履行调查、告知、听取申辩等程序，确保员工知情权和申辩权。若直接开除员工，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

3. 特殊主体：董事长与公司的关系

   • 若董事长同时是公司股东或实际控制人，其指令可能涉及公司治理层面（如股东会决议执行）。此时需区分指令是个人行为还是职务行为：
     
     • 职务行为：员工应执行，但可要求董事长出具书面指令或通过公司正式流程确认；
       
     • 个人行为：员工有权拒绝，且公司不得因此处罚员工。

4. 实务建议：风险防范与应对

   • 对员工：
     
     • 收到指令时，先确认其合法性及是否属于职责范围；
       
     • 若对指令有异议，建议通过书面形式（邮件、微信）向董事长或上级提出，并保留证据；
       
     • 拒绝执行非法指令时，可同步向公司合规部门或劳动监察部门举报。
       
   • 对公司：
     
     • 完善内部授权体系，明确董事长指令的边界；
       
     • 定期培训员工，强化“合法指令必须执行，非法指令有权拒绝”的意识；
       
     • 处理违纪员工时，确保程序合规，避免因程序瑕疵引发劳动争议。

总结：员工不执行董事长指令的处置需以“指令合法性”为核心，结合公司制度、程序正当性及主体身份综合判断。若涉及复杂情形（如指令合法性存疑、公司制度瑕疵），建议进一步提供具体细节，以便针对性分析。