结论前置：公司并非在所有情况下都有权利扣除员工工资，其扣薪行为必须严格遵循法律法规，并基于合法、合理的事由。以下是对此问题的详细分析：
一、公司有权扣除工资的法定情形
代扣代缴个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，公司有义务从员工工资中代扣代缴个人所得税，并上缴税务部门。这是公司的法定义务，员工也有义务配合完成。
代扣代缴社会保险费用：
- 公司需按照规定比例从员工工资中扣除应由员工个人承担的社会保险部分，如养老保险、医疗保险、失业保险等。这些费用是员工享受社会保险待遇的基础，公司有责任代扣代缴。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：
- 在特定法律程序中，如离婚诉讼、赡养纠纷等，法院可能判决或裁定要求公司从员工工资中代扣相关费用支付给权利人。公司有义务协助执行这些判决或裁定。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工违规操作导致机器损坏，公司可按规定从其工资中扣除部分用于赔偿。
违反公司规章制度或劳动合同的违约金：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了某些违约行为会导致工资扣减，并且该规章制度经过民主程序制定、已向员工公示，那么在员工违反这些规定时，公司可以依据规章制度或合同扣减工资。但需注意，违约金的设定必须合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
事假期间未提供劳动的无薪处理：
- 员工请事假期间，公司可不支付工资。工资根据实际出勤情况计算，事假未出勤则工资相应减少。例如，员工小李本月请3天事假，月工资5000元，则该月应发工资可能按（实际出勤天数÷应出勤天数）×5000元计算。
绩效挂钩的工资调整：
- 若劳动合同明确约定绩效工资与考核结果挂钩，公司可根据考核结果进行相应扣减。但需注意，考核标准必须明确、合理，且扣减比例不得违反法律法规的强制性规定。
二、公司无权扣除工资的情形
迟到、早退罚款：
- 除非劳动合同或规章制度有明确约定且程序合法，否则公司不得以迟到、早退为由直接罚款。即使约定了罚款，也需确保罚款金额合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
旷工一天罚三天工资：
- 此类惩罚性扣款通常缺乏法律依据。旷工期间的工资可按无薪处理，但额外罚款无效。公司应依据实际旷工天数扣减相应工资，而非采取惩罚性扣款方式。
强制乐捐等变相罚款：
- 未经员工同意的强制性捐款或罚款均属违法行为。公司不得以任何形式强制员工捐款或罚款，否则将承担法律责任。
未完成工作任务的全额扣薪：
- 除非劳动合同明确约定任务完成与工资全额挂钩，否则公司不得以此为由全额扣发工资。公司应依据实际完成情况扣减相应工资，而非采取全额扣发方式。
怀孕女职工产检时间扣薪：
- 女职工产检时间视为正常出勤，公司应支付工资。公司不得以产检为由扣减女职工工资，否则将违反法律法规的强制性规定。
以实物代替货币工资：
- 工资应以货币形式支付，不得以实物折抵。公司应按时足额支付员工货币工资，不得以任何形式拖欠或克扣。
员工辞职扣工资：
- 员工依法辞职时，公司不得无故扣押工资。公司应在员工办理离职手续时一次性结清工资，不得以任何理由扣减或拖欠。
三、公司违法扣薪的法律后果
- 行政责任：劳动行政部门可责令限期支付差额，逾期加付赔偿金（应付金额50%-100%）。
- 民事责任：员工可通过劳动仲裁或诉讼主张补发工资及经济补偿金。
- 刑事责任：恶意欠薪数额较大或持续时间较长的，可能被追究刑事责任。
建议：作为员工，应了解自身权益，遇到违法扣款时及时与公司沟通协商，协商无果时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，公司也应严格遵守法律法规，确保扣薪行为的合法性和合理性，避免引发不必要的法律纠纷。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。