针对您提出的“两个关联单位存在混同用工怎么处理”的问题，这是一个涉及劳动法律关系的复杂但重要的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、混同用工的定义与识别
混同用工通常指的是两个或两个以上存在关联关系的单位，在同一期间内交替或同时使用同一劳动者，并对该劳动者进行劳动管理的用工方式。这种用工方式可能表现为“一套人马，两块牌子”、“一套制度，多家通用”或者“1人1薪在不同单位身兼数职”等形式。在识别混同用工时，关键在于判断劳动者是否同时或交替为多个关联单位提供劳动，并接受这些单位的管理。
二、混同用工的法律后果
劳动关系确认：
- 如果劳动者已经与其中一家单位订立了书面劳动合同，那么通常可以确认与该单位之间存在劳动关系。
- 如果劳动者未与任何一家单位订立劳动合同，法院会根据用工管理行为，综合考虑工作时间、工作内容、劳动报酬支付、社会保险费缴纳等因素，来确认到底哪一家单位与劳动者建立了劳动关系。
工资支付责任：
- 在未订立书面劳动合同的情形下，因各公司对劳动者存在混同用工，它们需要共同承担支付劳动者劳动报酬、福利待遇的责任。除非关联单位之间有特别约定且经劳动者同意，否则不能免除这一责任。
三、处理混同用工的建议
对于企业：
- 细化公司治理：确保各关联公司在人员、业务、财务等方面保持清晰界限，避免人格混同。
- 规范用工管理：确保用工主体与劳动合同签订主体、工资支付及社保缴纳主体的一致性。
- 履行必要手续：从关联公司借用、调派、委派人员时，应签订相关协议，做好手续转移并告知劳动者。
- 妥善处理纠纷：如发现自身存在与关联公司混同用工的情形，可及时与关联公司、劳动者签订协议，明确责任主体。
对于劳动者：
- 及时签订书面劳动合同：明确用人单位名称、工作岗位、工作地点、劳动报酬等重要信息。
- 明确工作安排与工资支付：发现被两个或多个关联公司交叉或同时进行管理时，及时与用人单位沟通，要求明确工作安排、工资支付等事项。
- 留存相关证据：注意留存工牌/名片、工作内容、考勤打卡、工资发放记录等材料，以备不时之需。
- 及时主张权利：如发现自身权益受到损害，应及时通过法律途径维护自身合法权益，以免请求超过法定时效。
四、实际案例参考
以肖某某的案例为例，他先后在乙印刷公司和丙印刷公司工作，而这两家公司的法定代表人相同、工作地点相同、从事的生产经营活动相同、管理人员和工作人员混同。肖某某的工资也由这两家公司混同发放。最终，法院根据这些情况确认了肖某某与这两家公司分别在不同时间段内存在劳动关系。这个案例充分说明了混同用工的复杂性和法律后果的严重性。
综上所述，处理混同用工问题需要企业规范用工管理、细化公司治理，并履行必要手续；同时，劳动者也需要及时签订书面劳动合同、明确工作安排与工资支付、留存相关证据并及时主张权利。希望这些建议能对您有所帮助。