法院确定劳动关系的时效问题，主要涉及劳动仲裁时效和诉讼时效两个方面，具体如下：
劳动仲裁时效：
- 一般规定：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，如果劳动者发现用人单位未与其签订书面劳动合同，那么从发现之日起一年内，劳动者应申请劳动仲裁以确认劳动关系。
- 特殊情形处理：
- 时效中断：若当事人一方向对方主张权利、向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务，仲裁时效将中断，并从中断时起重新计算一年。比如，劳动者向用人单位提出确认劳动关系的要求，且用人单位同意协商解决，此时时效中断，从用人单位收到请求时起重算。
- 时效中止：因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由导致无法在时效期内申请仲裁的，仲裁时效中止。中止原因消除后，时效继续计算。例如，劳动者因重大疾病住院治疗无法申请仲裁，出院后时效继续。
- 特定情况：在劳动关系存续期间，因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效限制。但若劳动关系终止，则需在终止之日起一年内提出申请。
诉讼时效：
- 若对劳动仲裁结果不服，劳动者或用人单位可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。这是针对仲裁裁决的诉讼时效，而非直接针对确认劳动关系的诉讼时效。在确认劳动关系的案件中，通常需要先经过劳动仲裁程序，对仲裁结果不服的，再提起诉讼。
法律建议与注意事项：
- 及时行动：劳动者在发现用人单位存在侵害其劳动权益的行为时，应及时收集证据并申请劳动仲裁，以避免因超过时效而丧失法律救济机会。
- 留意中断与中止情况：在时效期内，劳动者应积极主张自己的权利，如向用人单位提出书面要求、向劳动监察部门投诉等，以利用时效中断的规定来保护自己。同时，若因不可抗力或其他正当理由无法按时申请仲裁，应及时了解时效中止的规定，并在原因消除后尽快申请仲裁。
- 特殊处理拖欠劳动报酬争议：在劳动关系存续期间，若因拖欠劳动报酬产生争议，劳动者可不受一年仲裁时效的限制。但仍需注意，在劳动关系终止后，应在一年内提出仲裁申请以确认劳动关系和追讨劳动报酬。
总结：法院确定劳动关系的时效问题涉及劳动仲裁时效和诉讼时效两个方面。劳动者在维护自身权益时，应充分了解并合理运用这些时效规定，以确保自己的合法权益得到及时有效的法律保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。