核心结论：公司多发工资且持续3年，员工需根据具体情况采取不同处理方式，可能涉及返还义务、税务处理及与公司的协商沟通等。以下是具体分析：

1. 返还义务

   • 从法律层面讲，员工因公司错误多发工资而获得的额外收入，属于不当得利。根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。因此，公司有权要求员工返还多发部分。
   • 尽管多发工资已持续3年，但这并不改变员工返还的义务。不过，公司在主张返还时，需承担举证责任，证明多发工资的事实及具体金额。

2. 税务处理

   • 多发的工资在发放时可能已被公司代扣代缴了个人所得税。若员工需返还多发工资，可与公司协商，由公司向税务机关申请退税或调整后续工资的个税计算方式，以避免员工因返还工资而承担额外的税务负担。
   • 若公司未就多发工资代扣代缴个税，员工在返还时，公司应补缴相应税款，并可能面临税务机关的处罚。员工在此情况下可要求公司妥善处理税务问题，以保护自身合法权益。

3. 协商沟通

   • 鉴于多发工资已持续3年，员工可与公司进行友好协商，探讨合理的返还方案。例如，可协商分期返还、从后续工资中扣除等方式，以减轻员工的经济压力。
   • 在协商过程中，员工可要求公司提供多发工资的详细记录及计算依据，以确保返还金额的准确性。同时，员工也可就返还过程中的税务处理、对个人信用记录的影响等问题与公司进行充分沟通。

4. 法律风险防范

   • 员工应认识到，拒绝返还多发工资可能面临法律诉讼风险。公司有权通过法律途径追讨不当得利，员工可能因此承担返还义务及诉讼费用等额外支出。
   • 为避免法律风险，员工在发现多发工资后，应及时与公司沟通并主动提出返还方案。若公司未及时发现或未要求返还，员工也应保持诚信原则，主动与公司协商处理。