在建设工程合同纠纷中，关于支付原来工程款时经办人更换后应由谁签字的问题，这主要取决于合同中的约定以及公司的内部管理规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定优先：
- 首先，应查阅原建设工程合同中是否有关于工程款支付经办人的具体约定。如果合同中明确规定了经办人的身份或变更程序，那么应严格按照合同约定执行。
- 若合同中有规定，且经办人已更换，但合同未规定更换后的签字程序，那么可能需要双方协商确定新的签字人，或者按照合同中的争议解决条款处理。
公司内部管理规定：
- 如果合同中没有明确规定，那么应参考公司的内部管理规定。公司通常会有关于工程款支付、合同签署等方面的规章制度，这些制度会规定经办人的职责和更换程序。
- 在这种情况下，应按照公司规定确定新的经办人，并由其签字确认工程款支付事宜。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，如果经办人更换是由于工作调动、离职等原因，且新经办人已经接手相关工作，那么为了保障工程款的及时支付，可以由新经办人签字确认。
- 但为了确保合法性和有效性，建议在签字前确认新经办人的身份和授权情况，必要时可以要求其提供公司出具的授权委托书或相关证明文件。
法律风险防范：
- 无论由谁签字，都应确保签字人的身份合法、授权明确，以避免因签字问题引发的法律纠纷。
- 如果可能的话，建议在支付工程款前，由双方（即发包方和承包方）共同确认新的经办人身份和签字权限，并留存相关证据以备不时之需。
针对此问题的具体建议：
- 首先，查阅原建设工程合同和公司内部管理规定，明确经办人的身份和更换程序。
- 如果合同或公司规定中有明确规定，则按照规定执行；如果没有明确规定，则双方协商确定新的签字人。
- 在签字前，确认新经办人的身份和授权情况，必要时要求其提供相关证明文件。
- 为了保障双方权益，建议在支付工程款前签订书面确认文件，明确新的经办人身份和签字权限。
若遇到复杂情况或争议：
- 如果双方对经办人的身份或签字权限存在争议，且无法通过协商解决，那么可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
- 在此过程中，建议保留好相关证据，如合同、公司规定、授权委托书、签字文件等，以便在争议解决过程中维护自己的合法权益。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。