结论：劳动关系在分公司时，劳动仲裁是否可以诉总公司，需根据分公司的法律地位及实际责任能力来判断。具体来说，有以下几种情况：
可以仅诉分公司：
- 如果分公司依法取得了营业执照或登记证书，并作为独立的用人单位与劳动者签订了劳动合同，且在日常管理中（如工作安排、考勤管理、工资发放等）均由分公司负责，那么在发生劳动争议时，劳动者可以直接将分公司列为被申请人提起劳动仲裁。此时，分公司作为独立的用工主体，有能力承担相应的法律责任。
应诉总公司或同时诉总公司与分公司：
- 分公司未依法取得营业执照或登记证书：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则不具备合法的用工主体资格。在此情况下，劳动者应将总公司列为被申请人，因为总公司作为法人实体，应对其分支机构的用工行为负责。
- 分公司虽有执照但无法承担责任：即使分公司取得了营业执照，但在实际运营中可能因资金不足等原因无法承担法律责任。此时，劳动者可以将总公司列为共同被申请人，要求总公司对分公司的债务承担补充清偿责任。这是因为分公司作为总公司的分支机构，其民事责任最终由总公司承担。
- 公司与分公司存在高度混同：有些公司可能采取“一套人马，两块牌子”的运营方式，导致分公司和总公司在人员、财务等方面存在高度混同。在这种情况下，如果分公司无法独立承担责任，劳动者可以考虑将总公司作为共同被申请人或者连带责任方提起劳动仲裁。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同；未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。这一规定明确了分公司在不同情况下的法律地位和责任承担方式。
- 建议：在决定仲裁对象前，劳动者应收集相关证据材料，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以明确实际的用工主体和责任承担主体。同时，为了最大程度保障自身权益，避免在仲裁或诉讼过程中因主体问题导致权益难以实现，劳动者在决定诉分公司还是总公司时，应综合考虑以上因素，并可以寻求我的专业建议和指导。在必要时，将分公司和总公司列为共同被申请人是一种稳妥的选择，这样无论最终判定由谁承担责任，劳动者的权益都能得到更有效的保障。
可能法律后果：
- 如果劳动者错误地选择了仲裁对象，可能会导致仲裁申请被驳回或者仲裁裁决无法执行，从而增加维权成本和时间成本。
- 如果劳动者正确地选择了仲裁对象，并提供了充分的证据材料，那么劳动仲裁委员会将依法作出裁决，保障劳动者的合法权益。
综上所述，劳动关系在分公司时，劳动仲裁是否可以诉总公司需根据具体情况判断。劳动者应仔细审查劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据材料，并结合公司的实际运营情况做出明智的决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。