主张加班工资的诉讼时效主要依据劳动关系是否存续以及具体情况有所不同，具体如下：
一、劳动关系存续期间
不受仲裁时效限制：
- 在劳动关系存续期间，劳动者主张加班工资一般不受仲裁时效期间的限制。这是因为在此期间，用人单位支付加班工资的义务是持续存在的，双方权利义务关系相对稳定。劳动者可以随时就拖欠的加班工资提出仲裁申请，无需担心时效问题。
举证责任：
- 尽管不受时效限制，但劳动者仍需对加班事实承担初步的举证责任。例如，提供考勤记录、工作日志、加班通知等证据，以证明自己确实存在加班行为以及加班的具体时长。
二、劳动关系终止后
一年仲裁时效：
- 劳动关系终止后，劳动者应当自劳动关系终止之日起一年内提出加班工资的请求。这是为了促使劳动者在合理期限内积极行使权利，避免证据灭失和增加维权难度。
- 计算公式（若需计算具体时效截止日期）：劳动关系终止日期 + 1年 = 仲裁时效截止日期。例如，若劳动关系于2023年5月31日终止，则劳动者应在2024年5月31日前提出仲裁申请。
时效中断与中止：
- 在此一年内，若因当事人一方向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济或对方当事人同意履行义务而中断，仲裁时效期间重新计算。
- 同时，因不可抗力或有其他正当理由导致无法申请仲裁的，仲裁时效中止，从中止时效的原因消除之日起继续计算。
三、诉讼时效的特别说明
三年诉讼时效的例外：
- 一般情况下，若劳动争议案件经过劳动仲裁，且当事人对仲裁裁决不服向人民法院提起诉讼，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但特别地，在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括加班工资）发生争议的，劳动者申请仲裁不受上述三年诉讼时效期间的限制。不过，这一规定主要针对的是仲裁阶段，进入诉讼阶段后，仍需遵循诉讼时效的一般规定，但实践中，由于仲裁前置程序的存在，且劳动关系存续期间仲裁不受时效限制，因此诉讼时效的起算点往往也会相应推迟。
法院诉讼阶段的前置程序：
- 劳动争议案件必须先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的，劳动者可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。逾期未提起诉讼的，仲裁裁决生效。
四、实际应用建议
及时维权：
- 尽管劳动关系存续期间劳动者申请仲裁不受时效限制，但为了避免证据灭失和增加维权难度，建议劳动者在发现自己的权益受到侵害后尽快采取行动，及时收集和保留相关证据。
保留证据：
- 劳动者在主张加班工资时，应提供充分的证据来证明自己的加班事实和加班工资的计算依据。这些证据可以包括考勤记录、工作日志、加班通知、工资条等。
了解当地政策：
- 不同地区的劳动争议处理政策和司法实践可能存在差异，因此劳动者在维权前应了解当地的相关政策和法规，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，主张加班工资的诉讼时效在劳动关系存续期间一般不受限制，但在劳动关系终止后应在一年内提出仲裁申请。若对仲裁裁决不服提起诉讼，则需遵循诉讼时效的一般规定。劳动者在维权过程中应保留好相关证据，并及时了解当地政策，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。