结论：在签订自主实习的劳动合同时，若合同期限约定为两年但实际实习期仅为六个月，合同中的日期条款应明确区分合同总期限与实际实习期限，并建议增加特别条款以明确双方的权利与义务。

详细分析：

1. 合同总期限与实际实习期限的区分：

   • 合同总期限：这是劳动合同上约定的整体有效期，本例中为两年。它代表了合同双方约定的、在正常情况下合同应持续的时间。
   • 实际实习期限：这是劳动者实际在用人单位进行实习工作的时间，本例中为六个月。它可能因各种原因（如实习生的学业安排、用人单位的项目需求等）而短于合同总期限。

2. 日期条款的写法建议：

   • 在合同中明确写明：“本劳动合同期限为两年，自XXXX年XX月XX日起至XXXX年XX月XX日止。其中，乙方（实习生）的实际实习期限为六个月，自XXXX年XX月XX日起至XXXX年XX月XX日止。”
   • 这样的写法既体现了合同的整体有效期，又明确了实习生的实际工作时间，有助于避免后续可能出现的争议。

3. 特别条款的增加：

   • 鉴于实际实习期限短于合同总期限，建议在合同中增加特别条款，明确双方在实习期结束后的权利与义务。例如：“实习期结束后，若双方无异议，本合同自动终止；若乙方希望继续实习或转为正式员工，需提前XX天向甲方提出书面申请，并经甲方同意后签订新的劳动合同或实习协议。”
   • 这样的特别条款有助于保障双方的合法权益，避免因信息不对称或理解差异而引发的纠纷。

4. 法律后果的考量：

   • 如果合同中没有明确区分合同总期限与实际实习期限，或者没有增加特别条款来明确双方的权利与义务，那么在实习期结束后，双方可能会就合同的继续履行、终止或赔偿等问题产生争议。
   • 在这种情况下，如果争议无法通过协商解决，可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决。这不仅会增加双方的时间成本和经济成本，还可能对双方的关系造成不可修复的损害。

建议：在签订自主实习的劳动合同时，务必明确区分合同总期限与实际实习期限，并增加特别条款以明确双方的权利与义务。这样有助于避免后续可能出现的争议，保障双方的合法权益。如果你在签订合同过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。