达成的生态环境损害赔偿协议可以直接申请司法确认，但并非必须进行司法确认。以下从多个角度为你详细分析：

一、生态环境损害赔偿协议的性质与效力

生态环境损害赔偿协议是赔偿权利人与赔偿义务人经磋商达成的一致意见，具有民事合同的性质。根据《最高人民法院关于审理生态环境损害赔偿案件的若干规定（试行）》第二十条，该协议可以向人民法院申请司法确认。这意味着，双方达成协议后，有权利选择是否将其提交给法院进行司法确认。

二、司法确认的作用与意义

1. 增强法律效力：经过司法确认的赔偿协议，具有与法院判决同等的法律效力。如果赔偿义务人不履行或不完全履行协议，权利人可以直接依据司法确认的裁定向人民法院申请强制执行，这大大增强了协议的执行力和保障性。
2. 提高执行效率：司法确认程序相对简便快捷，有助于快速解决纠纷，提高执行效率。对于双方而言，这可以节省时间和成本，更快地恢复生态环境。

三、是否需要进行司法确认的考量因素

1. 协议内容：如果赔偿协议内容明确、具体，且双方对协议的履行有充分的信心和保障，那么可能不需要进行司法确认。例如，双方对赔偿金额、支付方式、履行期限等都有明确的约定，且赔偿义务人有良好的信誉和履行能力。
2. 法律风险：如果赔偿义务人存在不履行或不完全履行协议的风险，或者权利人希望获得更强的法律保障，那么可以考虑进行司法确认。例如，赔偿义务人财务状况不佳，或者存在逃避履行义务的可能性。
3. 实际情况：是否进行司法确认还应结合具体情况进行综合考虑，如赔偿金额的大小、赔偿义务的履行难度等。对于赔偿金额较大或履行难度较大的协议，进行司法确认可能更为稳妥。

四、司法确认的程序与要求

1. 申请时间：赔偿协议生效之日起三十日内，双方当事人可以向人民法院申请司法确认。
2. 提交材料：申请人需要提交司法确认申请书、赔偿协议书等相关材料。这些材料应真实、完整，能够反映双方达成协议的真实意愿和协议内容。
3. 审查与裁定：人民法院将对赔偿协议进行审查，符合法律规定的将作出司法确认裁定。裁定书应当写明案件的基本事实和协议内容，并向社会公开。这有助于保障双方的合法权益，也有助于维护社会的公平正义。

建议：在实际操作中，如果双方对协议的履行存在疑虑或担忧，或者希望获得更强的法律保障，那么进行司法确认是一个不错的选择。如果你在生态环境损害赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。