生态损害赔偿协议在性质上主要属于民事合同，但具有其特殊性。以下是对这一问题的详细分析：
一、民事合同性质
双方意思表示一致：生态损害赔偿协议是污染者（或责任方）与受损方（如政府、环保组织或受影响的个人）之间，就生态损害的赔偿事宜达成的合意。这种合意体现了双方的意思表示一致，是民事合同的基本特征。
设立、变更、终止民事权利义务关系：协议中明确规定了污染者应承担的赔偿责任，包括赔偿金额、赔偿方式、赔偿期限等，同时也可能涉及受损方放弃某些权利或接受某种补偿的条款。这些条款的设立、变更或终止了双方之间的民事权利义务关系。
符合合同法的相关规定：生态损害赔偿协议在形式上和内容上通常都符合合同法的相关规定，如双方当事人的资格、协议内容的合法性、协议的签订程序等。
二、特殊性
涉及公共利益：与一般的民事合同不同，生态损害赔偿协议不仅涉及双方当事人的利益，还涉及公共利益。生态环境的保护和修复是全社会的共同责任，因此协议的履行不仅关乎双方当事人的权益，也关乎社会公共利益的维护。
可能涉及行政干预：在生态损害赔偿协议的签订和履行过程中，政府或相关环保部门可能发挥一定的监管和协调作用。例如，政府可能要求污染者采取特定的修复措施，或者对赔偿金额进行审核和确认。这种行政干预体现了生态损害赔偿协议在性质上的特殊性。
赔偿方式的多样性：生态损害赔偿协议中的赔偿方式可能多种多样，包括金钱赔偿、修复生态、替代性修复等。这种赔偿方式的多样性也是生态损害赔偿协议区别于一般民事合同的重要特征。
三、法律适用
在处理生态损害赔偿协议纠纷时，除了适用合同法的相关规定外，还可能涉及环境保护法、侵权责任法等相关法律法规。这些法律法规为生态损害赔偿协议的签订和履行提供了更为具体的指导和规范。
总结与建议：
生态损害赔偿协议在性质上主要属于民事合同，但具有其特殊性，如涉及公共利益、可能涉及行政干预以及赔偿方式的多样性等。在签订和履行生态损害赔偿协议时，双方当事人应充分了解相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。如果遇到纠纷或问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。