结论：公司在注册地注册，但住所和经营都不在该地时，注册地法院是否具有管辖权需分情况讨论，一般来说，若仅涉及公司登记相关纠纷，注册地法院有管辖权；若涉及合同纠纷等其他民事纠纷，则可能由被告住所地或合同履行地等法院管辖。
分析如下：
公司登记相关纠纷：
- 当纠纷直接涉及公司的登记事项，如公司设立、变更、注销等登记行为引发的争议，由于这些行为是在公司注册地完成的，且公司注册地是公司法律上的“户籍所在地”，因此，注册地法院通常具有管辖权。这是因为公司登记行为具有公示公信力，注册地法院作为登记行为的见证者和监督者，更便于查明事实、解决纠纷。
合同纠纷等其他民事纠纷：
- 对于合同纠纷等民事纠纷，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，一般由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。若公司作为被告，且其实际经营地或合同履行地不在注册地，那么注册地法院可能不具有管辖权，除非合同中有特别约定管辖法院为注册地法院。
- 此外，如果公司在注册地没有实际经营场所，且无法通过其他方式确定其实际经营地，那么根据相关司法解释，公司注册地法院可能因无法确定被告住所地而取得管辖权，但这并非绝对，还需结合具体案情和法院的裁量权来判断。
特殊情形下的管辖权：
- 在某些特殊情况下，如公司涉嫌犯罪且犯罪行为发生在注册地，或者公司作为侵权行为的被告且侵权行为结果发生在注册地等，注册地法院可能因犯罪行为地或侵权行为地而取得管辖权。
建议：
- 对于公司而言，应确保注册地与实际经营地的一致性，以避免因管辖权问题而引发的法律纠纷和诉讼成本。
- 在签订合同时，应明确约定管辖法院，以减少因管辖权问题而产生的争议。
- 若遇到管辖权争议，应及时咨询专业律师，以便根据具体案情和法律规定制定合理的诉讼策略。
法律后果提示：
- 若公司因管辖权问题而未能及时应诉或提出管辖权异议，可能导致法院作出不利于公司的判决或裁定。
- 错误的管辖权认定可能导致诉讼程序冗长、成本增加，甚至影响公司的正常经营和声誉。
如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。