在合作社作为被告且输掉官司的情况下，诉讼费用原则上由败诉方，即合作社承担。但具体费用的承担还需根据案件的具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
诉讼费用承担的一般原则：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，诉讼费用通常由败诉方承担。这意味着，如果合作社在官司中败诉，那么它应当承担由此产生的诉讼费用，包括案件受理费、申请费等。
诉讼费用承担的特殊情况：
- 部分胜诉、部分败诉：如果案件涉及多个诉讼请求，且合作社只是部分败诉，那么诉讼费用的承担可能会根据具体情况进行分摊。例如，如果合作社对某些诉讼请求败诉，但对其他诉讼请求胜诉，法院可能会根据双方胜诉和败诉的比例，来决定诉讼费用的分摊方式。
- 双方协商：在诉讼过程中，双方也可以就诉讼费用的承担进行协商。如果双方能够达成一致意见，并且这种意见不违反法律法规的强制性规定，那么法院通常会尊重双方的协商结果。
- 法院裁量：在特殊情况下，法院也可能根据案件的具体情况，如当事人的经济状况、案件的复杂程度等，来裁量诉讼费用的承担方式。
诉讼费用的具体范围：
- 诉讼费用不仅包括案件受理费，还可能包括申请费、证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴等。这些费用的承担方式，同样需要根据案件的具体情况和相关法律法规来确定。
对合作社的建议：
- 积极应诉：面对官司，合作社应当积极应诉，提供充分的证据和理由来支持自己的主张，以争取最有利的判决结果。
- 了解法律法规：合作社应当了解相关的法律法规，特别是关于诉讼费用承担的规定，以便在诉讼过程中更好地维护自己的权益。
- 寻求专业帮助：如果合作社对诉讼过程或相关法律法规不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，虽然合作社在输掉官司的情况下原则上需要承担诉讼费用，但具体费用的承担还需根据案件的具体情况来判断。因此，合作社在面对官司时，应当积极应诉，了解相关法律法规，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。