在确认承包经营合同无效的诉讼中，被告的选择需根据具体情况来确定，不能一概而论地说是以原小村为被告还是合并后的大村为被告。以下从几个方面进行详细分析：

一、合同相对性原则

首先，根据合同相对性原则，合同纠纷通常应起诉合同相对方。如果承包经营合同是与原小村签订的，那么在合同无效的确认之诉中，原小村作为合同的一方，通常是适格的被告。这是因为合同无效的确认之诉，本质上是对合同效力的法律评价，而合同效力直接关联到合同双方的权利义务。

二、村合并后的法律后果

然而，如果原小村已经与其他村合并成为大村，那么情况就变得复杂一些。村合并通常意味着原小村的法人资格被注销，其权利义务由合并后的大村承继。在这种情况下，如果承包经营合同是在村合并前签订的，且合同无效的原因与村合并无关，那么根据权利义务承继的原则，大村作为原小村的权利义务承继者，可能成为适格的被告。

三、具体情境分析

1. 如果合同无效的原因与村合并无关：

   • 例如，合同存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，导致合同无效。这些情形与村合并没有直接关系，因此，无论村是否合并，合同无效的确认之诉都应起诉原合同相对方。如果村已经合并，则起诉合并后的大村。

2. 如果合同无效的原因与村合并有关：

   • 例如，村合并过程中存在违法违规行为，导致原小村在签订合同时不具备相应的民事行为能力或权利能力。在这种情况下，可能需要进一步分析村合并的具体情况，以及合并过程中各方的责任划分。如果合并过程存在过错，且该过错与合同无效有直接因果关系，那么可能需要根据过错程度和因果关系来确定被告。

四、法律建议

1. 收集证据：在起诉前，应充分收集与合同签订、履行以及村合并相关的证据，以便在诉讼中证明自己的主张。

2. 咨询专业律师：由于合同无效的确认之诉涉及复杂的法律问题和事实认定，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。我可以为你提供建设工程、公司事务领域的专业法律咨询，帮助你分析案情、制定诉讼策略。

3. 考虑诉讼风险：在起诉前，应充分评估诉讼风险，包括被告的选择、证据的充分性、法律适用的准确性等。如果诉讼风险较大，可以考虑通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷。

综上所述，确认承包经营合同无效的诉讼中被告的选择需根据具体情况来确定。如果你面临此类问题，建议直接向我咨询，以便获取更具体、更专业的法律建议。