结论：法院在判决书的“本院认为”部分表示合同有效，确实会产生确认合同效力的后果。这一结论主要基于《民法典》的相关规定以及司法实践中的普遍做法。
法律分析：
法律依据：
- 根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，一旦合同满足法律规定的生效条件，它即具有法律效力，对当事人产生约束力。
- 当法院在判决书的“本院认为”部分明确表示合同有效时，这实际上是对合同法律效力的确认。这种确认具有法律效力，能够作为后续执行和纠纷解决的依据。
司法实践：
- 在司法实践中，法院在审理合同纠纷案件时，会对合同的效力进行审查。如果合同满足法律规定的生效条件，且没有违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，法院通常会认定合同有效。
- 法院在判决书中明确表示合同有效，不仅是对当事人之间法律关系的确认，也是对合同法律效力的权威阐释。这种阐释具有强制执行力，当事人必须遵守。
法律后果：
- 一旦法院确认合同有效，当事人就必须按照合同的约定履行各自的义务。如果一方不履行或不完全履行合同义务，另一方有权要求其承担违约责任。
- 合同的有效确认也为后续的执行程序提供了法律依据。如果一方拒绝履行合同义务，另一方可以向法院申请强制执行，法院将依据已经确认有效的合同进行执行。
具体法律规定：
- 《民法典》第五百零二条：“依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。”
- 此外，虽然直接的法律条文可能并未明确提及“法院在判决书中确认合同有效即产生确认合同效力的后果”，但这一结论是基于法律原则和司法实践的合理推断。法院作为司法机关，其判决具有法律效力，能够确认和改变当事人之间的法律关系。
建议：
- 如果您在合同纠纷中遇到法院确认合同有效的情况，请务必遵守合同的约定，按照法院的判决履行各自的义务。
- 如果您对合同的效力或法院的判决有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。