关于您提出的“贪污虚开发票的税款是否认定”的问题，这确实是一个涉及税收法律和刑事责任的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、虚开发票的判定与认定

虚开发票行为严重违反税收法律法规，其判定主要基于发票内容与实际交易情况是否一致。具体来说，如果发票上记载的商品名称、数量、单价等信息与实际交易不符，或者发票金额与实际交易金额不一致且无法提供合理的商业解释，那么该发票就可能被视为虚开。此外，如果发票的开具方并非实际收款方，或者缺乏真实的货物或服务交付，以及资金流向与交易不符等情况，也可能构成虚开发票。

在认定虚开发票时，税务机关或司法机关会进行一系列的调查和取证工作，包括核查交易记录、物流凭证、资金流向等证据，以确认是否有真实交易发生。如果确认存在虚开发票行为，那么相关责任人将面临法律制裁。

二、贪污虚开发票税款的性质

贪污虚开发票的税款，实际上是将虚开的发票作为手段，非法占有国家税款。这种行为不仅违反了税收法律法规，还构成了贪污犯罪。因为虚开发票本身就是为了骗取税收优惠或出口退税等非法目的，而贪污则是通过这些非法手段将国家税款据为己有。

三、法律责任与后果

对于贪污虚开发票税款的行为，相关责任人将面临严厉的法律制裁。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将面临有期徒刑、拘役以及罚金等处罚。如果贪污的税款数额较大或有其他严重情节，处罚将更加严厉。

此外，对于单位犯此罪的，还将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行相应处罚。这意味着，不仅个人要承担法律责任，单位也可能因此受到牵连。

四、建议与防范

为了避免贪污虚开发票税款的风险，企业和个人应严格遵守税收法律法规，确保发票的真实性和合法性。在商业交易中，要仔细核对发票内容与实际交易情况是否一致，避免使用虚开的发票进行报销或抵扣税款。同时，要加强内部管理，建立健全的财务制度和审计机制，及时发现和纠正可能存在的虚开发票行为。

综上所述，贪污虚开发票的税款是会被认定的，并且相关责任人将面临严厉的法律制裁。因此，企业和个人应严格遵守税收法律法规，确保发票的真实性和合法性，以避免不必要的法律风险和经济损失。