核心结论：公司发放的补贴中，法定必须通过劳动合同明确约定的补贴较少，但部分补贴需通过合同或规章制度明确发放条件以避免纠纷；建议通过劳动合同或书面协议约定的补贴则涉及公司自主福利或特殊安排。以下从法律要求和实践建议两个角度展开说明：

一、法律明确要求需通过合同或制度约定的补贴（极少数）

根据《劳动合同法》及相关法规，仅极少数补贴需通过劳动合同明确约定，典型场景为：

1. 工资构成中的补贴
   若补贴属于工资组成部分（如交通补贴、餐补等固定金额的福利），根据《工资支付暂行规定》，公司需在劳动合同中明确工资结构（包括基本工资、补贴等），否则可能被认定为未足额支付工资。
   例如：公司每月固定发放500元交通补贴，若未在合同中约定，员工离职时可能主张该补贴为工资差额，要求补发。

2. 特殊工时制下的补贴
   若员工适用不定时工作制或综合计算工时制，公司需在劳动合同中明确加班补贴或调休规则，否则可能面临支付加班费的风险。
   例如：实行不定时工作制的销售岗位，合同未约定出差补贴标准，员工可能主张按实际支出报销或要求额外补偿。

二、建议通过合同或制度约定的补贴（实践中的常见需求）

虽无法律强制要求，但以下补贴建议通过劳动合同或书面制度明确，以减少纠纷：

1. 公司自主福利类补贴
   如住房补贴、通讯补贴、节日补贴等，属于公司自主福利范畴。若未通过合同或制度约定，公司可能因“未兑现承诺”被员工主张权益。
   建议：在劳动合同或员工手册中明确补贴的发放条件（如在职时间、绩效达标等）、金额及调整机制。

2. 与岗位相关的特殊补贴
   如高温津贴、夜班津贴、野外作业补贴等，虽部分由法律强制规定（如高温津贴需按地方标准发放），但具体发放条件（如温度阈值、工作时间等）可通过合同细化。
   例如：建筑工地岗位，合同可约定“当日气温≥35℃时发放高温津贴”，避免因标准模糊产生争议。

3. 一次性或临时性补贴
   如搬迁补贴、项目奖金等，若未通过书面协议约定，员工可能主张为公司应尽义务。
   建议：签订补充协议或通过邮件、会议纪要等形式确认补贴性质、发放条件及时间。

三、操作建议

1. 合同约定优先：对固定发放的补贴，建议在劳动合同中单独列明“补贴条款”，明确金额、发放周期及调整规则。
   
2. 制度配套完善：对非固定补贴，可通过员工手册、薪酬制度等文件规定发放条件，并要求员工签字确认。
   
3. 留存书面证据：对临时性补贴，务必通过书面协议或邮件确认，避免口头承诺。

总结：公司无需对所有补贴均通过劳动合同约定，但涉及工资构成、特殊工时制或公司自主福利的补贴，建议通过合同或书面制度明确，以降低法律风险。如有具体补贴类型或合同条款设计需求，可直接向我咨询。