在当事人约定的法院管辖不明确的情况下，合同纠纷的管辖权主要由被告住所地或合同履行地人民法院依据法定原则确定。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，若合同中未明确约定管辖法院或约定不明确，则遵循法定管辖原则，即由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
二、具体处理步骤
审查管辖约定
- 首先，需要仔细审查合同中是否有关于管辖法院的明确约定。若约定不明确，如仅约定“由当地法院管辖”而无法确定具体法院，则该约定视为无效，需按法定管辖原则处理。
确定合同履行地
- 若合同中有约定且能明确判断合同履行地，则需进一步判断该地点是否在双方当事人住所地。
- 若约定的合同履行地不在双方当事人住所地，且合同已实际履行，则由该合同履行地法院管辖。
- 若约定的合同履行地在双方当事人住所地之一，不论合同是否实际履行，该地法院均具有管辖权。
- 若合同对履行地点没有约定或约定不明确，则根据争议标的类型确定合同履行地。例如，给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。
确定被告住所地
- 被告住所地是指被告的户籍所在地（对于公民）或主要办事机构所在地（对于法人或其他组织）。
- 若合同没有实际履行，或当事人双方住所地都不在合同约定的履行地，则由被告住所地人民法院管辖。
- 对于公民，若住所地与经常居住地不一致，由经常居住地人民法院管辖。
选择管辖法院
- 当两个以上人民法院都有管辖权时，原告可以选择向其中一个人民法院起诉。
- 若原告向多个有管辖权的人民法院起诉，则由最先立案的人民法院管辖。
- 如果合同约定了多个与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，原告可以向其中一个人民法院起诉，只要约定的地点符合法律规定。
三、注意事项
- 书面形式：协议管辖必须以书面形式进行，口头协议无效。这是确保管辖约定具有法律效力的基本要求。
- 实际联系：选择的管辖法院必须与争议有实际联系，否则约定无效。这是为了防止当事人通过约定管辖法院来规避法律或进行不正当的诉讼行为。
- 不违反级别和专属管辖：不得违反级别管辖和专属管辖的规定，否则相关约定亦属无效。这是为了维护司法秩序和保障当事人的合法权益。
四、实际案例与法律建议
实际案例：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，但合同中未明确约定管辖法院。后因合同履行发生纠纷，甲方向法院提起诉讼。此时，若合同中有约定且能明确判断合同履行地，则由该地法院管辖；若无法确定合同履行地或合同未实际履行，则由被告住所地法院管辖。
法律建议：
- 在签订合同时，应尽可能明确约定管辖法院，以避免后续纠纷中的管辖权争议。
- 若合同中已约定管辖法院但约定不明确，应及时与对方协商补充约定或寻求法律途径解决。
- 在发生纠纷时，应仔细审查合同中的管辖约定及合同履行情况，以确定正确的管辖法院。
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