结论前置：公司以不能胜任工作为由通知解除劳动合同，即使员工同意，公司是否需要支付赔偿，关键在于公司的辞退程序是否合法合规以及是否能够提供充分证据证明员工不能胜任工作。具体来说，存在需要支付赔偿和无需支付赔偿两种情况。
一、需要支付赔偿的情况
法律依据与情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，若劳动者不能胜任工作，且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付一个月工资后，方可解除劳动合同。若公司未遵循这一法定程序，如未提前通知、未安排培训或调岗，或未能提供充分证据证明员工不能胜任工作即直接辞退，属于违法解除劳动合同。
- 赔偿标准：公司需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
具体例子：
- 假设员工在公司工作了3年，月工资为10000元，且未高于当地职工月平均工资的三倍。若公司未提前通知且未安排培训或调岗，直接以不能胜任工作为由辞退员工，则公司需支付赔偿金为：\(3年 \times 1个月/年 \times 2（二倍赔偿） \times 10000元/月 = 60000元\)。
二、无需支付赔偿的情况
法律依据与情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，若劳动者在试用期间被证明不符合录用条件，用人单位可以解除劳动合同且无需支付经济补偿。但此情形主要针对试用期员工。
- 对于非试用期员工，若公司已充分证明员工不能胜任工作，并依法提供了培训或调岗机会，员工仍不能胜任，且公司已提前三十日以书面形式通知或者额外支付了一个月工资，此情况下解除劳动合同无需再支付额外经济补偿。
具体例子：
- 假设员工已过试用期，公司发现其不能胜任工作，于是安排了为期一个月的培训。培训后，员工仍不能胜任工作。公司提前三十日以书面形式通知员工解除劳动合同，并支付了员工一个月的工资作为补偿。在此情况下，公司无需再支付额外的经济补偿或赔偿金。
三、关键要点总结与建议
- 合法性是关键：公司辞退员工的程序必须严格遵守法律规定，包括提前通知、提供培训或调岗机会等。
- 证据是基石：公司必须能够举证证明员工不能胜任工作的具体情形，如绩效考核结果、工作表现记录等。
- 建议：公司在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，并保留好相关证据。若公司确需辞退员工，建议先咨询我，以确保辞退行为的合法性，避免不必要的法律风险。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。