结论：在国有单位纪委调查时，您一般应当配合，但在特定情况下可以依法表达异议或寻求法律救济。以下从不同角度进行分析：

一、纪委调查的性质与配合义务

国有单位纪委作为党内监督机构，其调查行为主要依据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》等党内法规进行。这些调查旨在维护党的纪律，查处违纪行为，保障党的纯洁性和先进性。

配合义务：

1. 党员义务：如果您是党员，根据《中国共产党章程》的规定，党员有义务接受党的纪律的约束，并配合党组织进行的调查工作。
2. 公民义务：即使您不是党员，作为公民，在国有单位工作期间，也有义务遵守单位规章制度，包括配合内部调查。这种配合义务源于您与单位之间的劳动关系以及单位的管理权。

二、不配合的可能后果

1. 纪律处分：如果您是党员且不配合纪委调查，可能面临党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等。
2. 行政处理：即使您不是党员，不配合调查也可能导致单位根据内部规章制度对您进行行政处理，如警告、记过、降级、撤职或开除等。
3. 法律责任：在极端情况下，如果您的行为涉嫌违法（如阻碍国家机关工作人员依法执行职务），还可能面临刑事责任。

三、依法表达异议或寻求法律救济的途径

1. 了解调查程序：在配合调查前，您可以要求纪委出示相关调查文件，了解调查的程序、目的和范围，以确保调查的合法性和正当性。
2. 表达异议：如果您认为调查程序存在违法或不当之处，可以依法向纪委或上级党组织提出异议，要求纠正。
3. 寻求法律救济：如果您认为自己的合法权益受到侵害，可以依法向有关部门投诉或寻求法律救济，如申请行政复议或提起行政诉讼等。但需要注意的是，这些救济途径通常是在调查结束后，针对具体行政行为或处理结果提出的。

四、特殊情况下的不配合

在极少数情况下，如果纪委的调查行为严重违法或侵犯了您的合法权益（如非法搜查、非法拘禁等），您有权依法拒绝配合，并立即向有关部门报告或寻求法律救济。但这种情况需要谨慎判断，并确保有充分的证据支持您的主张。

建议：在国有单位纪委调查时，您应当保持冷静和理性，了解调查的程序和目的，积极配合调查工作。如果您对调查程序或处理结果有异议，可以依法表达并寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。