结论：公司请假通常不能扣加班费，这一行为在大多数情况下是不合理的，除非用人单位有合法有效的规章制度且经过民主程序制定并向劳动者公示，明确规定在特定情况下可以合理调整薪酬待遇。

法律分析

1. 加班费与请假扣款的性质区别

   • 加班费是员工在非正常工作时间（如晚上、周末或节假日）为公司提供服务时所应获得的额外报酬，这是对员工牺牲个人休息时间的一种补偿，属于员工的合法收入。
   • 请假扣款则是员工因私事需要离开工作岗位时，公司按照相关规定从员工的薪资中扣除的一部分金额。这两者在性质上是完全不同的，加班费是对员工额外劳动的补偿，而请假扣款是对员工未出勤的一种经济处理。

2. 法律依据

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作或法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间的工资报酬。这明确规定了加班费的支付标准和条件，与请假扣款无关。
   • 加班费作为对劳动者额外劳动付出的补偿，与请假扣款属于不同的概念和时间段，因此不能将二者混为一谈，随意用请假来扣除加班费。

3. 司法实践案例

   • 在司法实践中，如果劳动者与用人单位就请假扣加班费问题产生争议，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。只要劳动者能够证明加班事实以及用人单位存在扣减加班费的行为，劳动仲裁机构或法院通常会支持劳动者的诉求，判定用人单位返还不合理扣除的加班费。

4. 特殊情况下的合理性

   • 虽然一般情况下请假不能扣加班费，但如果用人单位有合法有效的规章制度，且该制度明确规定在特定情况下（如长期请假影响了整体工作绩效、项目进度等）可以合理调整薪酬待遇，并且该规章制度经过了民主程序制定并向劳动者公示，那么在符合规定情形时扣减部分薪酬可能会被认为具有一定合理性。但这种情况下需要严格符合法律规定的条件，且扣款金额应合理合法，不能随意扣减加班费。

建议与措施

• 对于员工而言：

  • 如果遭遇用人单位不合理地扣除加班费，应先与公司进行沟通协商，明确表达自己的诉求和法律依据。
  • 若无法解决问题，可以考虑向当地的劳动监察部门投诉，提供相关证据（如加班记录、请假记录、工资条等）以支持自己的主张。
  • 也可以寻求法律援助或直接向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。

• 对于用人单位而言：

  • 应确保规章制度的合法性和合理性，避免将加班费与请假扣款混同处理。
  • 在制定规章制度时，应经过民主程序并征求劳动者的意见，确保规章制度的公正性和透明度。
  • 遵守相关法律法规和规章制度，避免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，公司请假通常不能扣加班费，这一行为在大多数情况下是不合理的。无论是员工还是用人单位，都应明确加班费和请假扣款的性质区别，并遵守相关法律法规和规章制度。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。