结论：工程结算晚于质保期是否需要预留质保金，需分情况讨论，主要取决于合同约定、法律规定以及双方协商结果。以下从不同角度展开分析：

1. 合同有明确约定时
   若合同中明确约定了质保金的预留期限（如“自工程竣工验收合格之日起X年”），且该期限已覆盖质保期，则即使结算时间晚于质保期，仍需按合同约定预留质保金。例如，合同约定质保期为2年，质保金预留期限为“竣工后3年”，则结算时仍需预留，直至3年期满。
   法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务。合同条款是双方意思自治的体现，优先适用。

2. 合同未明确约定或约定冲突时

   • 质保期与质保金期限的关系：若合同仅约定质保期（如2年），但未明确质保金预留期限，实践中通常认为质保金应随质保期届满而返还。此时若结算晚于质保期，原则上无需再预留。
     
   • 行业惯例与公平原则：根据《建设工程质量管理条例》及行业惯例，质保金的作用是保障质保期内工程质量，若质保期已过且无质量问题，继续预留可能损害承包人权益。此时可主张返还，但需举证证明已履行质保义务（如维修记录、验收报告等）。

3. 结算延迟的特殊情形

   • 因发包人原因导致结算延迟：若结算延迟是由于发包人拖延审核、未及时支付等原因造成，承包人可主张按质保期届满时间返还质保金，并要求发包人承担违约责任（如利息损失）。
     
   • 质保期内出现质量问题：即使结算晚于质保期，若质保期内发现质量问题且承包人未修复，发包人有权从质保金中扣除维修费用，甚至追偿超额损失。此时质保金可能被部分或全部扣留。

实务建议：

1. 审查合同条款，明确质保金预留期限与质保期的关系；
   
2. 保留质保期内履行维修义务的证据（如通知、维修记录、验收单等）；
   
3. 若发包人无理由扣留质保金，可通过协商、诉讼或仲裁主张返还，并要求支付逾期利息；
   
4. 结算时建议在协议中明确质保金处理方式，避免后续纠纷。
   

如有具体合同条款或案件细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步建议。