结论：摩托车在停止线内非机动车道等红绿灯，一般情况下是违法的，但具体是否违法还需结合当地交通法规和实际情况来判断。
分析说明：
交通法规的普遍原则：
- 根据交通法规，机动车（包括摩托车）应当在机动车道内行驶，非机动车应当在非机动车道内行驶。这是为了保障交通秩序和安全，避免不同类型车辆之间的相互干扰。
- 在等红绿灯时，车辆应当停在相应的车道内，等待信号灯的变化。如果摩托车停在非机动车道内，就可能违反了机动车应当在机动车道内行驶的规定。
特殊情况下的判断：
- 然而，也存在一些特殊情况。比如，在某些地区或特定路段，由于道路设计或交通流量的原因，可能允许摩托车在非机动车道内临时停靠或等待红绿灯。但这通常会有明确的交通标志或标线进行指示。
- 另外，如果非机动车道非常宽敞，且没有非机动车行驶，而机动车道拥堵不堪，有些地方可能会采取灵活的管理措施，允许摩托车在非机动车道内短暂等待。但这种情况并不普遍，且需要遵循当地交通管理部门的指示。
法律后果：
- 如果摩托车在禁止机动车行驶的非机动车道内等红绿灯，一旦被交通管理部门查处，可能会面临罚款、扣分等处罚。
- 更重要的是，这种行为可能引发交通事故，对摩托车驾驶人和其他道路使用者的安全构成威胁。
建议与行动：
- 遵守交通法规：作为摩托车驾驶人，应当严格遵守交通法规，按照车道划分行驶和等待红绿灯。不要为了图方便或节省时间而违反规定。
- 了解当地规定：不同地区的交通法规可能有所不同，有些地方可能有特殊的规定或管理措施。因此，在驾驶前最好了解当地的交通法规和实际情况，以便做出正确的判断。
- 安全驾驶：无论在哪里驾驶摩托车，都要时刻注意安全。保持车速适中、保持车距、注意观察路况和周围环境，确保自己和他人的安全。
后续思考依据：
- 如果您对当地的交通法规有疑问或不确定，可以查阅当地的交通法规手册或咨询当地交通管理部门。
- 如果您因为违反交通法规而受到了处罚或发生了交通事故，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，曹勇律师，专注于交通事故、保险理赔领域），以了解自己的权利和义务，并寻求合理的解决方案。