若法官在案件审理中主动审查了诉讼时效，可按以下情况处理：

1. 诉讼时效已届满，且对方提出抗辩
   根据《民法典》第193条，法院不得主动适用诉讼时效规定进行裁判，但若被告在答辩中明确提出“诉讼时效抗辩”，法院需依法审查。此时需重点核查：

   • 原告能否证明诉讼时效存在中止、中断事由（如催告记录、协商证据等）；
     
   • 被告是否在诉讼时效届满后自愿履行部分义务（可能构成放弃时效利益）。
     若原告无法举证，法院可能驳回其诉讼请求；若存在时效障碍事由，则诉讼时效抗辩不成立，案件继续实体审理。

2. 诉讼时效未届满
   若法官主动审查后确认诉讼时效未过期，案件将正常进入实体审理阶段。此时需关注：

   • 原告是否在起诉时已完整提交权利主张的证据（如合同、转账记录等）；
     
   • 被告是否提出其他实体性抗辩（如履行不能、合同无效等）。
     诉讼时效未过期仅是程序前提，最终判决仍需以实体法律关系认定为准。

3. 法官主动审查的合法性争议
   根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第3条，法院“不得主动援引诉讼时效”是原则，但存在例外：

   • 若被告未到庭或未提出抗辩，法院主动审查可能构成程序违法（可申请再审）；
     
   • 若案件涉及公共利益或特殊主体（如金融机构、国有企业），部分法院可能以“维护交易秩序”为由主动审查，但此做法存在争议。
     若认为法官审查违法，可在上诉或再审阶段提出程序瑕疵主张，要求撤销原判。

实务建议：

• 收到判决后，若因诉讼时效问题败诉，需在15日内上诉，重点论证时效中止/中断证据或法官程序违法；
  
• 若案件尚未判决，立即补充时效障碍证据（如催告函、录音等），并通过书面意见向法院说明；
  
• 避免在诉讼中承认“知道权利受损时间”，防止对方以此固定时效起算点。
  

诉讼时效规则的核心是“督促权利人及时行使权利”，但法律亦通过中止、中断等制度平衡双方利益。具体案件需结合证据链和法律适用细节分析，如有进一步材料可提供，我可协助制定应对方案。