针对您提出的“蓝牌非营运货车取消营运证后发生交通事故，保险公司是否赔偿”的问题，这确实是一个涉及保险合同、车辆使用性质以及法律法规的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、保险合同条款的约束力
首先，我们需要明确的是，保险合同是保险公司与车主之间约定的法律文件，其中详细列出了保险责任、免责条款等内容。因此，在判断保险公司是否应赔偿时，我们首先要参考保险合同中的相关条款。如果合同中明确规定非营运车辆不得用于货物运输，且因此导致的损失不属于保险责任范围，那么保险公司有权拒绝赔付。
二、车辆使用性质的界定
蓝牌非营运车辆的设计初衷是为了满足日常出行需求，而非货物运输。如果车主以营利为目的，长期或频繁地使用车辆进行货物运输，这将被视为改变了车辆的使用性质，显著增加了车辆的危险程度。在这种情况下，保险公司通常会依据免责条款拒绝赔偿。然而，如果车辆只是偶尔、无偿地帮助他人拉货，并未改变其非营运性质，那么保险公司可能会按照合同约定进行赔偿。
三、具体出险情况的分析
在判断保险公司是否应赔偿时，我们还需要考虑具体的出险原因和损失情况。如果出险原因与车辆的非营运性质无关，例如因自然灾害或第三方责任导致的损失，且损失符合保险合同的赔付条件，那么保险公司可能会按照合同约定进行赔付。但如果出险是由于车辆从事货物运输等经营性活动导致的，且这种活动改变了车辆的使用性质，增加了危险程度，那么保险公司可能会拒绝赔付。
四、交强险与商业险的赔付差异
此外，我们还需要区分交强险和商业险的赔付情况。交强险作为一种强制保险，其核心目的是保障交通事故中第三方受害人的基本权益。因此，无论货车是否办理了营运证，只要事故属于交强险的责任范围，保险公司通常都会在交强险的限额内进行赔付。然而，对于商业险（如车损险、第三者责任险等），保险公司可能会根据车辆的使用性质、是否办理营运证等因素来决定是否赔付。
五、特殊情况的处理
在特殊情况下，如果车主能提供充分证据证明车辆的使用性质并未改变或未显著增加危险程度（如货物重量、体积在车辆承载范围内，行驶路线和习惯与日常一致等），保险公司也可能会考虑赔偿。但这需要结合具体案件情况和相关证据来判断。
六、建议与总结
为了避免潜在的纠纷和风险，我建议您：
综上所述，蓝牌非营运货车取消营运证后发生交通事故，保险公司是否赔偿取决于保险合同的约定、车辆的实际使用性质以及出险的具体情况。因此，在处理此类问题时，我们需要综合考虑多个因素来做出判断。