针对您提出的“违法占地建设的工程，国土资源局（现通常称为自然资源主管部门）会如何处理”的问题，这是一个涉及土地管理和城乡规划法规的复杂议题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答：
一、违法占地建房的认定
首先，自然资源主管部门会通过调查、实地勘查等方式，核实建房者是否未经批准擅自使用土地，以及占地的具体位置、面积、用途等信息。这是处理违法占地建房问题的前提和基础。
二、处理原则与依据
处理违法占地建房问题，必须严格遵循《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，确保处理的合法性和公正性。同时，应充分尊重和保护当事人的合法权益，避免过度处罚或不当处理。
三、具体处理方式
责令退还与限期拆除：
- 若确认建房者违法占地，自然资源主管部门会责令其退还土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物，恢复土地原状。这是最常见的处理方式，旨在纠正违法行为，恢复土地合法使用状态。
没收建筑与罚款：
- 对于符合土地利用总体规划的违规建筑，自然资源主管部门可予以没收，并处以罚款。罚款的金额通常根据违法占地的面积和性质来确定，每平方米100元至1000元不等。这种方式旨在既纠正违法行为，又对违法者进行经济处罚。
补办手续与缴纳费用：
- 如果建房者符合相关规划但未履行审批手续，自然资源主管部门可能会要求其补办用地和建设审批手续，并缴纳相关费用，如土地复垦费等。这种方式旨在引导违法者合法使用土地，同时弥补因违法行为可能造成的土地资源损失。
行政处分与刑事责任：
- 如果违法占地建房行为涉及国家工作人员，自然资源主管部门会依法给予行政处分。如果行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，将依法追究刑事责任。这种方式旨在维护土地管理秩序，打击违法行为。
四、特殊情况处理
- 城镇居民违规占用农村集体土地建房：
- 严禁城镇居民在农村购置宅基地或违法建造住宅。对于此类行为，自然资源主管部门一般会责令退还占用的土地，并限期拆除房屋。这是为了保护农村集体土地资源，防止城镇居民非法侵占。
五、法律责任与后续措施
行政处罚与刑事责任：
- 违法占地建房者可能面临罚款、责令拆除等行政处罚。在严重情况下，如构成犯罪，将面临刑事追诉。这是为了维护土地管理秩序和城乡规划的严肃性。
保护当事人权益：
- 在处理过程中，自然资源主管部门应确保当事人的听证权、申诉权等合法权益得到保障。这是为了体现法治精神，确保处理过程的公正性和合法性。
加强宣传教育与监管：
- 为了预防类似违规行为的发生，自然资源主管部门应加强宣传教育力度，提高公众对土地资源和城乡规划的认识。同时，加强监管力度，及时发现和纠正违法行为。
六、总结与建议
违法占地建房是一个复杂的法律问题，需要自然资源主管部门根据具体情况和性质进行依法处理。为了有效预防和打击此类行为，建议建立健全的土地管理和城乡规划体系，加强监管力度，并鼓励公众参与监督和管理。通过综合施策，共同维护土地资源的合理利用和城乡规划的顺利实施。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。