结论：公司能否因员工闯红灯两次而合法解除劳动合同，需分情况讨论，关键在于闯红灯行为是否构成严重违反公司规章制度或相关法律法规。以下为具体分析：

1. 若公司规章制度明确规定闯红灯属于严重违纪行为，且员工知晓该规定：

   • 合法性分析：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若公司规章制度中明确将闯红灯（尤其是多次闯红灯）列为严重违纪行为，且该规章制度经过民主程序制定、已向员工公示或告知，那么公司以此为由解除劳动合同是合法的。
   • 处理建议：员工应首先确认公司规章制度中是否有相关条款，以及自己是否确实违反了该条款。若确认无误，员工可能难以主张公司违法解除，但可以关注公司解除程序是否合法（如是否提前通知、是否听取员工申辩等）。

2. 若公司规章制度未明确规定闯红灯为严重违纪行为，或员工不知晓该规定：

   • 合法性分析：在此情况下，公司仅凭员工闯红灯两次就解除劳动合同，可能缺乏明确的制度依据，构成违法解除。因为《劳动合同法》要求用人单位解除劳动合同必须有合法、合理的依据，且该依据需事先告知劳动者。
   • 处理建议：员工可以与公司沟通，要求公司出具解除劳动合同的书面通知，并明确解除理由。若公司无法提供合法依据，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司违法解除，要求支付赔偿金（通常为经济补偿金的两倍）。

3. 若闯红灯行为导致严重后果（如交通事故、影响公司形象等）：

   • 合法性分析：即使公司规章制度未明确规定闯红灯为严重违纪行为，但如果员工的闯红灯行为导致了严重后果（如发生交通事故且员工负主要责任、因闯红灯被媒体曝光影响公司形象等），公司可能以“严重失职，给用人单位造成重大损害”为由解除劳动合同。这种情况下，解除的合法性取决于后果的严重程度以及公司能否证明该后果与员工闯红灯行为之间的直接因果关系。
   • 处理建议：员工应评估自己闯红灯行为是否确实导致了严重后果，以及公司能否提供充分证据证明这一点。若认为公司解除行为不合法，同样可以通过投诉或劳动仲裁途径维权。

总结与建议：公司能否因员工闯红灯两次而合法解除劳动合同，取决于公司规章制度的规定、员工对规章制度的知晓情况以及闯红灯行为是否导致严重后果。员工在面对此类情况时，应首先了解公司规章制度，评估自己行为的性质及后果，然后与公司沟通或寻求法律帮助以维护自身权益。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。