您好，针对您因两次闯红灯被扣12分的情况，我将为您详细解答后续的处理流程及相关注意事项。
一、确认违章并缴纳罚款
首先，您需要通过交通管理部门的官方网站或手机APP（如交管12123）查询闯红灯的具体违章记录，包括违章时间、地点及照片等，确保信息无误。确认无误后，您需要携带驾驶证、车辆行驶证和身份证，前往当地交警大队违法处理窗口或通过线上渠道处理违章记录，并按规定缴纳罚款。请注意，逾期未缴将产生滞纳金。
二、参加满分学习与考试
在缴纳罚款后的15日内，您需要到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门报名参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。每日学习时间不少于8个学时，学习内容涵盖道路交通安全法律、法规、规章，交通信号含义，安全行车与文明驾驶知识等。
学习结束后，车辆管理所将在20日内安排道路交通安全法律、法规和相关知识考试（科目一）。您需要提前预约考试时间，并按时参加考试。考试合格后，记分将被清除，并发还机动车驾驶证。若考试不合格，您需要重新预约并参加考试，直至合格为止。
三、特殊情况处理
误闯红灯复议：如果您因视线被遮挡等特殊情况误闯红灯，可以在收到违法信息后向车辆管理处申请复议，并提供相关证据。若复议成功，红灯记录将被取消，不扣分也不罚款。
B类、A类驾照降级：如果您持有大型客车（A1）、牵引车（A2）、城市公交车（A3）、中型客车（B1）、大型货车（B2）驾驶证，在一个记分周期内记满12分，车辆管理所将注销您的最高准驾车型驾驶资格，并需在三十日内办理降级换证业务。降级后，您需要按规定参加审验学习。
四、重要注意事项
不可代扣：请严禁使用他人驾驶证代扣分数，此行为属于“买卖分”，是违法的，将受到严厉处罚。
遵守交规：作为驾驶人，您应严格遵守交通规则，避免再次发生违法行为，确保行车安全。
五、法律依据
您的处理流程依据《中华人民共和国道路交通安全法》、《道路交通安全违法行为记分管理办法》以及《机动车驾驶证申领和使用规定》等相关法律法规。这些法规明确规定了闯红灯的扣分标准、满分学习与考试的要求以及准驾车型降级的规定等。
综上所述，因两次闯红灯被扣12分后，您需要按流程缴纳罚款、参加学习与考试，并注意特殊情况和相关法律规定，以确保驾驶证恢复正常使用。同时，我也建议您增强交通安全意识，严格遵守交规，共同营造安全、有序的交通环境。