关于工程质量保证金是扣留还是施工单位缴纳的问题，这实际上涉及到了工程质量保证金的定义、目的以及具体的操作方式。以下是对这一问题的详细解答：

一、工程质量保证金的定义与目的

工程质量保证金是发包人与承包人在建设工程承包合同中明确约定的一项资金，它并非由施工单位额外缴纳，而是从应付的工程款中预留出来的。这笔资金的主要目的是确保承包人在缺陷责任期内对工程出现的任何缺陷进行及时维修，从而保障建设单位的权益，并促使承包人更加注重工程质量和售后服务。

二、工程质量保证金的扣留方式

工程质量保证金的扣留方式主要有两种，这通常会在合同中明确约定：

1. 进度款支付时逐次扣留：

   • 在工程进度推进的过程中，建设单位会按照合同约定的支付周期，在每次支付工程进度款时，按一定比例扣留质量保证金。这种方式可以确保质量保证金随着工程进度的推进而逐步积累，从而在缺陷责任期内有足够的资金用于维修。

2. 竣工结算时一次性扣留：

   • 工程竣工结算后，建设单位会从应付给承包人的结算款中一次性扣留约定比例的质量保证金。这种方式适用于工程总价款已经确定，且建设单位希望一次性解决质量保证金问题的情况。

三、关于施工单位缴纳的说法澄清

需要明确的是，工程质量保证金并非由施工单位额外缴纳，而是从应付工程款中预留。因此，说“施工单位缴纳”并不准确，更准确的说法是“从应付工程款中扣留”。

四、工程质量保证金的使用与退还

• 使用条件：在缺陷责任期内，如果工程出现质量问题，建设单位有权使用质量保证金进行维修或赔偿。
• 退还流程：缺陷责任期满且工程无质量问题，或者已按要求维修完毕，承包人应向发包人申请返还质量保证金。发包人应按合同约定及时退还，不得无故拖延。

五、合同与法律的重要性

为避免后续纠纷，发包人和承包人应在合同中详细约定质量保证金的扣留、使用、退还方式、比例及时间等细节。同时，这些条款应符合《建设工程质量保证金管理办法》等相关法律法规的规定，以确保双方的权益得到合法保障。

综上所述，工程质量保证金是从应付工程款中预留的资金，用于保证承包人在缺陷责任期内对工程出现的缺陷进行维修。其扣留方式、比例及时间等细节应在合同中明确约定，并严格遵守相关法律法规的规定。