在有土地证与无证协议书打官司的情况下，不能简单地判断谁“有理”，而是需要根据具体情况，结合相关法律法规和证据规则来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、土地证的法律效力
土地证是土地权利的法律凭证，具有公示公信的效力。在法律上，持有土地证的一方通常被视为土地的合法权利人，其权利受到法律的保护。因此，在一般情况下，如果一方持有有效的土地证，那么其在土地权利争议中往往具有更强的法律地位。
二、无证协议书的法律效力
无证协议书，即未取得土地证的情况下签订的关于土地权利的协议。这类协议书的法律效力取决于其内容、签订方式以及是否违反法律法规的强制性规定。
如果协议书内容合法且双方意思表示真实：即使没有土地证，该协议书也可能被认定为有效合同，对双方具有约束力。然而，这并不意味着协议书中的权利就能得到法律的保护，特别是在涉及土地权利这种需要依法登记才能取得的权利时。
如果协议书内容违法或存在欺诈、胁迫等情形：那么该协议书可能被认定为无效合同，对双方不具有约束力。在这种情况下，即使一方持有无证协议书，也难以在法律上主张其权利。
三、诉讼中的举证责任
在诉讼中，举证责任是关键。持有土地证的一方需要证明其土地证的合法性和有效性，以支持其土地权利的主张。而持有无证协议书的一方则需要证明协议书的合法性、双方的意思表示真实以及协议书与土地权利之间的关联性。
四、可能的结果
如果土地证合法有效且无证协议书存在违法情形：那么法院很可能会支持持有土地证的一方的诉求，认定其为土地的合法权利人。
如果土地证存在瑕疵或无证协议书内容合法且双方意思表示真实：那么法院可能会根据具体情况，结合相关法律法规和证据规则，对双方的权利进行综合判断。在这种情况下，结果可能更加复杂和不确定。
五、建议
对于持有土地证的一方：应妥善保管土地证，确保其合法性和有效性。在发生争议时，及时收集并整理相关证据，以支持自己的诉求。
对于持有无证协议书的一方：应尽快了解协议书的法律效力和可能的风险。如果可能的话，尝试通过合法途径取得土地证或完善相关手续，以增强自己的法律地位。在诉讼中，应积极举证，证明协议书的合法性和与土地权利之间的关联性。
在处理此类纠纷时，建议双方都咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律地位和可能的法律后果，从而做出更明智的决策。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。