车辆挂靠协议上写明被挂靠公司不承担赔偿补偿，在法律上是否生效，需分情况讨论：
协议内容合法且双方真实意思表示：
- 如果车辆挂靠协议中的条款是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款在法律上是有效的。这意味着，在协议约定的范围内，被挂靠公司确实不承担赔偿补偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
协议存在违法或显失公平情形：
- 如果车辆挂靠协议中的条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在显失公平的情形（如一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的），那么该条款可能被认定为无效或可撤销。
- 具体情形：例如，如果协议中约定被挂靠公司完全免除其对挂靠车辆因交通事故造成的第三方损害的赔偿责任，而该约定明显违反了《中华人民共和国道路交通安全法》等法律法规中关于机动车交通事故责任的规定，那么该条款可能被认定为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。另外，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
协议履行过程中的实际情况：
- 即使车辆挂靠协议中约定了被挂靠公司不承担赔偿补偿责任，但在实际履行过程中，如果被挂靠公司存在过错（如未对挂靠车辆进行必要的安全管理、未履行协助处理交通事故的义务等），导致挂靠车辆或第三方遭受损失的，被挂靠公司仍可能需承担相应的赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
建议：
- 在签订车辆挂靠协议时，双方应充分协商并明确各自的权利和义务，特别是关于赔偿补偿责任的约定应合法、合理且明确。
- 如果对协议条款存在疑问或不确定其法律效力，建议咨询专业律师进行审查和修改。
- 在协议履行过程中，双方应严格遵守协议约定并履行各自的义务，以避免不必要的法律纠纷。
如有任何关于车辆挂靠协议或相关法律问题的疑问，请直接向我咨询。