结论：病假扣年假的合法性需根据具体情况判断，一般情况下是不合法的，因为年假和病假是两种性质不同的假期，不应相互抵扣。但在特定条件下，如用人单位规章制度有明确规定且符合法律法规要求时，可能存在合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，年假是劳动者依法享有的福利，旨在保障其休息休假的权利；而病假则是劳动者因患病或非因工负伤需要停止工作治病休息时所享有的假期。
- 年假与病假在性质上完全不同，前者是劳动者的休息权利，后者是因健康原因必需的休假。因此，两者不能相互混淆或替代。
实际操作：
- 在没有明确规章制度规定的情况下，用人单位不得将病假与年假相互抵扣。劳动者有权分别享受病假和年假的待遇。
二、特殊情况下的可能合法性
前提条件：
- 如果用人单位在规章制度中明确规定了病假可以抵扣年假，并且这一规定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时向劳动者进行了公示告知。
- 该规定必须具有合理性，不能过于苛刻地限制劳动者的权益，且应符合法律法规的强制性规定。
实施条件：
- 通常这种抵扣会在特定条件下进行，如长期病假严重影响正常工作安排等。但即便如此，用人单位也应确保劳动者的合法权益不受侵害，如确保抵扣后的年假天数仍符合法律法规的规定。
具体情形：
- 根据《职工带薪年休假条例》第四条，累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的；累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的；累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的，不享受当年的年休假。但这是指不享受当年的年休假，而非将已请的病假抵扣年假。因此，即使符合这些条件，用人单位也不能直接将病假抵扣年假，而是应按照规定不安排年假或支付未休年假的工资报酬。
三、劳动者的应对措施
沟通协商：
- 首先应与用人单位沟通协商，要求其纠正错误做法，按照法律规定分别计算病假和年假。
法律途径：
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付未休年假的工资报酬等。
证据保留：
- 劳动者在维权过程中应保留好相关的病假证明、年假记录以及用人单位的规章制度等证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
四、建议与总结
- 建议：用人单位应制定合法、合理的规章制度，明确年假和病假的计算方式和待遇标准，并向劳动者进行公示告知。同时，用人单位应尊重劳动者的合法权益，不得随意将病假与年假相互抵扣。
- 总结：病假扣年假的问题涉及劳动者的休息休假权利，是一个重要的法律问题。在一般情况下，病假和年假不能相互抵扣。但在特殊情况下，如果用人单位的规章制度有明确规定且符合法律法规的要求，可能存在病假抵扣年假的合法性。然而，这种抵扣必须严格遵循法律法规的规定和程序要求，确保劳动者的合法权益不受侵害。劳动者在遇到此类问题时，应积极采取措施维护自己的合法权益，并通过法律途径寻求帮助。
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