合同双方确实可以在合同中约定一方注册地的法院作为管辖法院，这种约定在法律上被称为“协议管辖”或“约定管辖”。以下是对这一问题的详细解答：
一、协议管辖的合法性
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人有权通过书面协议选择管辖法院。这一选择可以包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院。因此，合同双方约定一方注册地的法院作为管辖法院，是完全符合法律规定的，只要该约定不违反级别管辖和专属管辖等法律的强制性规定，即为有效。
二、协议管辖的优势
明确性：通过在合同中明确约定管辖法院，双方在签订合同时即对可能出现的纠纷管辖法院作出了安排。这有助于在争议发生时迅速确定诉讼方向，避免因管辖问题而产生的额外争议。
效率性：协议管辖允许双方选择对双方更为便利的法院进行诉讼。这可以节省诉讼成本，如交通、住宿等费用，同时提高诉讼效率，因为双方可以更早地进入诉讼程序，加快纠纷的解决。
可预期性：明确的管辖约定增强了法律结果的可预测性。双方可以事先了解并评估在特定法院进行诉讼的可能结果，从而更好地规划和管理法律风险。
三、协议管辖的限制条件
尽管协议管辖具有诸多优势，但在实际操作中也需遵守一定的限制条件：
不得违反级别管辖：级别管辖是根据案件的性质、大小等因素确定的，不同级别的法院负责审理不同类型的案件。因此，协议管辖的约定不能违背级别管辖的原则。
不得违反专属管辖：专属管辖是指某些特定类型的案件只能由特定的法院来审理。例如，不动产纠纷必须由不动产所在地的法院管辖。在协议管辖时，必须尊重这些专属管辖的规定，不能约定由其他法院管辖专属管辖的案件。
四、实际应用中的建议
明确约定：在合同中应明确写明管辖法院的名称和地址，以避免任何可能的歧义。例如，可以约定“本合同在履行过程中发生的争议，由双方协商解决；协商不成的，提交甲方（或乙方）注册地的人民法院诉讼解决。”
咨询专业律师：在签订合同前，建议咨询专业律师以确保约定符合相关法律法规的要求。律师可以提供专业的法律意见，帮助双方制定合法、有效的管辖约定。
关注特殊法律问题：如合同涉及复杂或特殊的法律问题，应特别关注级别管辖和专属管辖的规定。在这些情况下，可能需要更详细的法律分析和判断，以确保约定的有效性。
综上所述，合同双方约定一方注册地的法院作为管辖法院是合法且有效的做法。通过合理的协议管辖约定，双方可以更有效地解决潜在的纠纷，保障各自的合法权益。