针对违法分包单位拒不配合调查的情况，可以采取以下措施来处理：

1. 法律手段强制配合：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，对于违法分包行为，相关主管部门有权进行调查。若违法分包单位拒不配合，主管部门可以依法采取强制措施，如发出责令改正通知书、罚款通知等，要求其必须配合调查。
   • 在极端情况下，如果违法分包单位的行为严重妨碍了调查工作的进行，甚至可能构成妨碍公务等违法行为，此时可以依法向公安机关报案，由公安机关介入处理。

2. 利用合同条款约束：

   • 如果在与违法分包单位签订的合同中，有明确约定关于配合调查、提供资料等义务的条款，那么当违法分包单位拒不配合时，可以依据合同条款要求其承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
   • 可以通过法律途径，如提起诉讼或申请仲裁，来强制违法分包单位履行合同义务，配合调查工作。

3. 行业自律与信用惩戒：

   • 可以向相关的行业协会或组织报告违法分包单位的行为，请求其依据行业自律规则对违法分包单位进行惩戒，如公开谴责、限制参与行业活动等。
   • 同时，可以将违法分包单位的行为纳入信用记录，对其在未来的市场准入、招投标等方面进行限制，形成有效的信用惩戒机制。

4. 加强沟通与协调：

   • 在采取上述措施的同时，也应积极与违法分包单位进行沟通，了解其拒不配合的原因，尝试通过协商解决问题。有时候，违法分包单位可能由于对调查工作的误解或担忧而拒不配合，通过沟通可以消除其顾虑，促进调查工作的顺利进行。

在处理过程中，需要注意以下几点：

• 确保调查工作的合法性与合规性：在调查过程中，必须严格遵守相关法律法规和程序要求，确保调查工作的合法性与合规性。避免因程序不当或违法取证而影响调查结果的效力。
• 保护当事人的合法权益：在处理违法分包单位拒不配合调查的问题时，也要注意保护当事人的合法权益，避免因处理不当而引发新的法律纠纷。
• 及时寻求法律支持：如果遇到复杂或难以处理的情况，应及时寻求法律支持，如咨询专业律师或法律机构，以确保处理工作的顺利进行。

若您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。