结论：判无效合同并不意味着所有内容都无效，特定条款如争议解决条款和清理结算条款通常具有独立性，其效力不受合同整体无效的影响。

详细分析：

1. 合同无效的定义与情形：

   • 合同无效通常指的是合同因违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，或者双方意思表示不真实等情形，导致法律认定该合同整体不具有法律效力。但这并不意味着合同中的所有条款都无效。

2. 部分无效与整体效力的关系：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。这意味着，即使合同中的某些部分被认定为无效，只要其余部分符合法律规定且双方意思表示真实，那么这些部分仍然是有效的。例如，在一份买卖合同中，如果关于交货时间的条款因违反法律规定而无效，但关于货物质量、价格等核心条款仍然有效，那么双方仍需按照这些有效条款来履行合同。

3. 特殊有效条款的独立性：

   • 争议解决条款：依据《中华人民共和国民法典》第五百零七条，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。这意味着，无论合同的整体效力如何，其中关于解决争议的方法（如仲裁条款或管辖法院条款）始终有效。例如，在一份合作协议中，即使其他内容被认定无效，但双方约定的仲裁条款仍然有效，当双方就合作事宜产生纠纷时，仍需按照约定的仲裁方式来解决。
   • 清理和结算条款：这类条款涉及合同终止后债权债务的处理，如财产返还、折价补偿及赔偿损失等。它们旨在恢复合同签订前的权利义务状态或进行合理善后处理，其效力同样不受合同无效的影响。例如，在一份租赁合同中，如果合同因违法而被认定无效，但其中关于如何核算已使用期间的租金并进行返还的清理结算条款，仍具有法律效力。

4. 实际案例分析：

   • 以甲公司与乙公司的买卖合同为例，若合同因违反法律强制性规定而被认定无效，但其中约定的仲裁条款以及关于如何核算已交付货物价值并进行返还的清理结算条款，仍具有法律效力。双方需按照这些条款来处理后续事宜，如通过仲裁解决争议，并按照约定进行财产返还和折价补偿。

法律建议：

• 在处理合同无效的情况时，建议首先仔细审查合同中的各项条款，特别是争议解决条款和清理结算条款，以确定哪些条款仍然具有法律效力。
• 如果合同中的某些条款被认定无效，但其他部分仍然有效，双方应继续按照有效条款履行合同义务，以避免不必要的法律纠纷。
• 对于因合同无效而产生的财产返还、折价补偿以及过错责任承担等问题，建议双方协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或按照约定的仲裁方式解决。

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