超期办理的行政案件确实可能违反法定程序，但具体是否构成违法需结合超期的严重程度及对当事人权益的影响来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、可能被视为程序瑕疵的情形
当行政案件的超期是由于轻微的、非故意的疏忽造成的，并且这种超期并没有对当事人的实体权利产生实质影响时，它有可能被认定为程序瑕疵。例如，行政机关因工作人员疏忽，在规定期限后的短暂时间内作出了处理决定，但整个调查过程合法合规，事实清楚、证据确凿，且超期并未影响当事人的陈述、申辩、听证等重要程序性权利的行使，也未加重处理结果。在这种情况下，虽然超期行为存在，但可能不会对行政决定的合法性产生根本性影响，法院可能会判决确认行政程序违法，但不撤销该行政决定。
二、可能构成程序违法的情形
影响当事人重要程序性权利：如果超期导致当事人无法有效行使申请回避、听证等权利，或者因时间拖延而无法及时收集对自己有利的证据，那么这种超期行为就严重违反了法定程序，损害了当事人的程序性权利。在这种情况下，超期办理的行政案件很可能构成程序违法。
损害当事人实体权益：超期调查或处理可能使当事人的生产经营活动、生活状态等长期处于不确定状态，造成不必要的经济损失或其他负面影响。例如，环保部门对工厂进行污染调查时超期数月，导致工厂不敢进行正常的生产和投资活动，遭受重大经济损失。这种超期行为不仅违反了法定程序，还直接损害了当事人的实体权益，构成程序违法。
三、法律后果与应对措施
对于超期办理的行政案件，法律后果取决于超期的严重程度以及是否对当事人的合法权益造成了实质性的影响。若构成程序违法，行政决定可能面临被撤销或视为无效的风险。因此，行政机关应严格遵守法定的程序和时限，确保行政决定的合法性和公正性。
作为当事人，若认为行政案件存在超期等程序问题，可以采取以下措施：
及时提出异议：在行政程序进行过程中，若发现行政机关存在超期等程序问题，应及时向行政机关提出异议，要求其纠正。
申请行政复议或提起行政诉讼：若行政机关未予纠正或当事人对行政决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。在复议或诉讼过程中，可以主张行政机关超期办理违反法定程序，要求撤销或变更行政决定。
作为行政机关，为避免超期办理行政案件，应做到以下几点：
加强内部管理：建立健全行政程序管理制度，明确各环节的时限要求，确保行政程序有序进行。
提高工作效率：加强工作人员培训，提高业务能力和工作效率，确保在法定期限内完成行政程序。
及时沟通协调：在行政程序进行过程中，若遇到特殊情况需要延长时限，应及时与当事人沟通协调，并按照规定报批延长时限。
总之，超期办理的行政案件是否违反法定程序需结合具体情况判断。作为当事人或行政机关，都应密切关注行政程序的合法性和时限的合规性，以确保自己的合法权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。